Gut Microbiota for Health prend acte de la publication des recommandations alimentaires 2025-2030 à l’intention des habitants des États-Unis. Il est vrai que de nombreuses recommandations font écho aux connaissances établies depuis longtemps dans le domaine nutritionnel ; parmi celles-ci, l’intérêt supérieur porté aux fibres et à la santé du microbiome. Toutefois, les principaux groupes d’étude spécialisés (notamment Harvard T.H. Chan School of Public Health et Stanford Medicine) soulignent que ces nouvelles directives s’écartent considérablement des recommandations basées sur des preuves qui émanent du Comité consultatif sur les recommandations alimentaires, ce qui pourrait entraver l’action des cliniciens et des décideurs politiques dans le domaine de la nutrition. Enfin, les décisions nutritionnelles du grand public et des patients pourraient être influencées par la politique et l’industrie alimentaire1, 2.

Les nouvelles recommandations ne sont ni claires ni nuancées sur le fait que l’ingestion de certaines graisses et protéines, dans de certaines quantités, se fait au détriment de la consommation de fibres, alors que cela a une incidence néfaste sur le microbiome intestinal.

Source : USDA.

 

Une alimentation riche en graisses saturées favorise les acides biliaires dérivés du microbiome, qui sont impliqués dans le cancer colorectal

La pyramide alimentaire inversée qui accompagne les nouvelles recommandations, place les protéines animales et les sources de graisses saturées dans la partie supérieure gauche. Cela signifie que nous devrions privilégier et consommer plus souvent ces aliments de base. La viande rouge et le fromage font ici l’objet d’un traitement de faveur non corroboré par les données scientifiques actuelles, qui conseillent de privilégier une alimentation à base d’aliments complets et principalement végétaux, le but étant ainsi d’améliorer la santé cardiovasculaire et métabolique en influençant la composition et le fonctionnement du microbiome intestinal3, 4.

Les nouvelles recommandations préconisent de limiter les aliments ultra-transformés, les sucres ajoutés et les graisses saturées. Cependant, la pyramide alimentaire semble tolérante à l’égard des aliments riches en graisses saturées, tels que le beurre, le suif de bœuf, la viande rouge et les produits laitiers entiers, ce qui est en contradiction avec la recommandation de limiter les graisses saturées à 10 % de l’apport calorique total. Si les produits laitiers entiers font ici l’objet d’une forte promotion sans tenir compte des personnes intolérantes au lactose ou consommant peu de produits laitiers par préférence personnelle, les aliments d’origine végétale et les poissons gras brillent par leur absence dans la liste des « graisses saines », malgré leurs effets positifs sur le microbiome intestinal.

Concernant le microbiome intestinal, une alimentation composée principalement d’aliments d’origine animale peut augmenter les acides biliaires, stimuler les microorganismes tolérants à la bile (Alistipes, Bilophila et Bacteroides) et réduire les microorganismes décomposant les fibres alimentaires qui proviennent des légumes, des fruits et des légumineuses (Roseburia, Eubacterium rectale et Ruminococcus bromii). Dans le côlon, il semble que la conversion microbienne des acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires (par exemple, l’acide désoxycholique, l’acide lithocholique) soit de plus en plus impliquée dans le développement du cancer colorectal, comme le confirment les preuves causales issues de modèles porcins et murins5.

 

Les sources de protéines animales sont surestimées par rapport aux protéines végétales

Une autre divergence par rapport aux données scientifiques réside dans le fait que les nouvelles recommandations privilégient les sources animales au détriment d’un modèle alimentaire majoritairement végétal, alors même que 85 % de la population américaine consomme déjà plus que l’apport quotidien recommandé de 0,8 g/kg/jour de protéines6. D’autre part, il n’existe aucun avantage à consommer plus de 1,6 g de protéines par kg de poids corporel par jour, soit le double de l’apport nutritionnel recommandé, pour gagner en masse musculaire et en force7. En effet, l’apport élevé en protéines, qui peut accélérer l’athérosclérose et augmenter le risque cardiovasculaire8, est également lié à une augmentation de l’imidazole propionate produit par les bactéries intestinales, ce qui favorise l’accumulation de plaques dans les artères.

L’accent mis sur l’apport en protéines, en particulier celles provenant de la viande rouge, peut facilement entraîner le dépassement des limites recommandées en matière de graisses saturées et de sodium. Si les protéines remplacent les glucides fermentescibles dans l’alimentation, davantage d’acides aminés atteindront le gros intestin. En conséquence, le métabolisme microbien fera des protéines son principal carburant, ce qui augmentera les métabolites tels que l’ammoniac, les phénols et l’hydrogène sulfuré. Comme ceux-ci ont des effets négatifs sur l’intégrité de la barrière intestinale et favorisent l’inflammation intestinale, une augmentation du risque de cancer colorectal en découlera9.

Dans l’ensemble, le message « plus il y a de protéines, mieux c’est » est préoccupant, en particulier lorsque l’apport en fibres est faible comme c’est le cas dans les sociétés occidentales. S’il est important d’équilibrer l’apport en protéines et en fibres pour une meilleure santé intestinale et métabolique10, les nouvelles recommandations en matière d’apport protéique pour la santé intestinale et générale ont négligé le rôle de la source de protéines, tant et si bien qu’elles ont fini par remplacer les glucides fermentescibles de l’alimentation par des protéines animales.

 

Les fibres ont été minimisées au profit des protéines et des graisses

Les nouvelles recommandations fragilisent la prédisposition en faveur de régimes alimentaires basés sur des fruits et légumes. Alors qu’il existe des preuves évidentes que ces régimes préviennent les maladies chroniques telles que le diabète et le cancer, les nouvelles recommandations sont adoucies et suppriment certains détails nécessaires à une action efficace en matière de santé publique. Le rôle des fibres est ainsi minimisé au profit des protéines et des graisses. Or, reconnaître publiquement les fibres alimentaires comme un nutriment essentiel pour l’être humain, au même titre que certains acides aminés et vitamines, contribuerait à augmenter leur consommation. Cette approche s’avère simple et efficace pour réduire les maladies chroniques, ainsi que l’affirment de récentes observations publiées dans Nature Food11.

Bien que les dernières recommandations plaident pour la consommation de fibres et d’aliments fermentés ainsi que pour les aliments complets, l’accent mis visuellement et textuellement sur les protéines et les graisses ne facilite pas, voire ne stimule pas la consommation en fibres. Au niveau du microbiome intestinal, la fermentation des fibres entraîne la production d’acides gras à chaîne courte, qui présentent des avantages métaboliques et immunologiques12. Par ailleurs, la diminution du pH intestinal due à une fermentation élevée des glucides fermentescibles peut supprimer la formation d’acides biliaires secondaires et détourner le métabolisme microbien intestinal des métabolites, tels que les acides gras à chaîne ramifiée et le N-oxyde de triméthylamine dont les effets néfastes sur la santé intestinale et métabolique ont été observés13.

En définitive, s’il est réjouissant que les nouvelles recommandations alimentaires reconnaissent le rôle du microbiome intestinal, il est regrettable qu’elles accordent une importance excessive aux régimes riches en protéines et en graisses dont les effets sur le microbiome intestinal sont associés au cancer colorectal. Comme le souligne Marion Nestle, professeure émérite de nutrition, d’études alimentaires et de santé publique à l’université de New York, dans son éditorial « La politique l’emporte sur la science dans les nouvelles recommandations alimentaires aux États-Unis », ces dernières directives prêtent à confusion et constituent un recul dans la politique de santé publique fondée sur des preuves, ce qui sape la confiance du public et risque de nuire inutilement à la santé publique14.

 

Références :

  1. Dietary Guidelines Advisory Committee. Scientific Report of the 2025 Dietary Guidelines Advisory Committee. Accessed February 2, 2026. https://www.dietaryguidelines.gov/2025-advisory-committee-report
  2. Williams Sr KA, Dastmalchi LN, Barnard ND. When nutrition science is ignored: potential public health cost of the 2025 dietary guidelines. JAMA. 2026. doi: 10.1001/jama.2026.0832.
  3. Shi W, Huang X, Schooling CM, et al. Red meat consumption, cardiovascular diseases, and diabetes: a systematic review and meta-analysis. Eur Heart J. 2023; 44(28):2626-2635. doi: 10.1093/eurheartj/ehad336.
  4. Gu X, Bui LP, Wang F, et al. Global adherence to a healthy and sustainable diet and potential reduction in premature death. PNAS. 2024; 121(50):e2319008121.
  5. Osswald A, Wortmann E, Wylensek D, et al. Secondary bile acid production by gut bacteria promotes Western diet-associated colorectal cancer. Gut. 2025. doi: 10.1136/gutjnl-2024-332243.
  6. National Academy of Medicine. 2005. Dietary reference intakes for energy, carbohydrate, fiber, fat, fatty acids, cholesterol, protein, and amino acids. Washington, DC: The National Academies Press.
  7. Morton RW, Murphy KT, McKellar SR, et al. A systematic review, meta-analysis and meta-regression of the effect of protein supplementation on resistance training-induced gains in muscle mass and strength in healthy adults. Br J Sports Med. 2018; 52(6):376-384. doi: 10.1136/bjsports-2017-097608.
  8. Zhang X, Kapoor D, Jeong SJ, et al. Identification of a leucine-mediated threshold effect governing macrophage mTOR signalling and cardiovascular risk. Nat Metab. 2024; 6(2):359-377. doi: 10.1038/s42255-024-00984-2.
  9. Davis RH, Bryant RV, Gibson PR, et al. The fate of dietary protein in the gastrointestinal tract and implications for colonic disease. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2026. doi: 10.1038/s41575-026-01173-0.
  10. Jardon KM, Canfora EE, Goossens GH, et al. Dietary macronutrients and the gut microbiome: a precision nutrition approach to improve cardiometabolic health. Gut. 2022; 71(6):1214-1226. doi: 10.1136/gutjnl-2020-323715.
  11. Reynolds AN, Cummings J, Tannock G, et al. Dietary fibre as an essential nutrient. Nat Food. 2026; 7(1):4-5. doi: 10.1038/s43016-025-01282-0.
  12. Armet AM, Deehan EC, O’Sullivan AF, et al. Rethinking healthy eating in light of the gut microbiome. Cell Host Microbe. 2022; 30(6):764-785. doi: 10.1016/j.chom.2022.04.016.
  13. Brinck JE, Sinha AK, Laursen MF, et al. Intestinal pH: a major driver of human gut microbiota composition and metabolism. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2025; 22(9):639-656. doi: 10.1038/s41575-025-01092-6.
  14. Nestle M. Politics trump science in new US dietary guidelines. BMJ. 2026; 392:s143. doi: 10.1136/bmj.s143.