Bien que les discussions autour de la ménopause portent souvent sur les hormones, la ménopause ne commence ni ne s’achève dans les ovaires. Cette transition naturelle, qui survient entre 45 et 55 ans, lorsque les femmes arrivent au terme de leur vie reproductive, affecte de nombreux organes et systèmes et, comme le suggèrent de récentes études scientifiques, laisse également son empreinte sur un autre écosystème important : le microbiote intestinal.
À mesure que les taux d’œstrogènes fluctuent et diminuent pendant la périménopause, la composition et la diversité des micro-organismes intestinaux commencent à changer. Cette relation complexe, qui n’a commencé à être étudiée que récemment, est encore loin d’être pleinement comprise. Nous savons toutefois que les œstrogènes influencent le microbiote et que celui-ci intervient à son tour dans le métabolisme de ces hormones, ce qui pourrait avoir des répercussions sur la fonction immunitaire, le métabolisme, la santé osseuse et la santé cérébrale. Cependant, il reste difficile de démêler les changements liés aux variations hormonales de ceux qui sont liés au vieillissement, à l’alimentation, aux médicaments ou à d’autres facteurs.
« Malheureusement, jusqu’à présent, très peu de financements ont été consacrés à des recherches approfondies sur les questions liées à la santé des femmes », explique la Dre Mireia Vallès-Colomer, chercheuse principale du groupe de recherche sur le microbiome à l’Université Pompeu Fabra (UPF). « Aucune étude ne montre précisément ce qui arrive au microbiote pendant la ménopause. »
Comment les œstrogènes et le microbiote intestinal interagissent-ils ?
Pour commencer à combler ce manque de connaissances, Vallès-Colomer a lancé un projet consacré à l’endométriose qui étudie la relation entre les hormones sexuelles et le microbiote, afin de mieux comprendre ce dialogue. Les premiers résultats suggèrent que certaines bactéries peuvent métaboliser les œstrogènes endogènes, ainsi que les œstrogènes issus des traitements hormonaux et les phytoœstrogènes présents dans certains aliments. « Nous savons que le microbiote peut les métaboliser. Ce qui nous manque encore, c’est une liste complète des bactéries responsables de ce processus », explique Vallès-Colomer.
Dans ce contexte, ce que l’on appelle l’estrobolome joue un rôle clé. Ce terme désigne l’ensemble des gènes bactériens capables de métaboliser les hormones féminines, produites principalement par les ovaires et, dans une moindre mesure, par d’autres tissus. Certaines bactéries intestinales peuvent recycler les œstrogènes provenant du foie et les réintroduire dans la circulation sanguine, ce qui pourrait être bénéfique dans certains contextes au cours de la ménopause.
Cependant, comme le souligne Vallès-Colomer, on ne sait toujours pas dans quelle mesure les différences dans le métabolisme des œstrogènes par les bactéries modifient les taux d’œstrogènes dans l’organisme, ni comment agir sur le microbiote pour obtenir des bénéfices cliniques.
Le Dr Juan Carlos Espín, professeur de recherche au CSIC au sein du centre CEBAS-CSIC, à Murcie, étudie, lui aussi, cette relation. Dans une publication récente, il a passé en revue la manière dont les médicaments pris au long cours peuvent modifier les bactéries intestinales associées à l’estrobolome et, par conséquent, les enzymes impliquées dans le métabolisme des œstrogènes. L’analyse suggère que des médicaments comme la metformine, les statines et certains antidépresseurs pourraient avoir des effets sur ces bactéries. Elle souligne toutefois qu’aucune étude n’a encore évalué directement comment ces traitements modifient l’activité de l’estrobolome chez les femmes ménopausées.
La ménopause n’est pas le seul facteur qui façonne le microbiote intestinal
De plus, les changements du microbiote ne peuvent pas être attribués uniquement à la ménopause. L’âge, le poids, l’activité physique, l’alimentation et les médicaments l’influencent également. Dans le même ordre d’idées, une analyse de la cohorte ZOE PREDICT 3, publiée en 2025 et menée par des chercheurs du King’s College London et de l’Université de Trente, en Italie, portant sur 70 399 femmes en péri- et postménopause, a révélé une association modérée entre le microbiote intestinal et la sévérité globale des symptômes de la ménopause. Ces symptômes comprenaient aussi bien des manifestations physiques — comme la fatigue, la prise de poids ou l’impression d’avoir un métabolisme ralenti — que des manifestations psychologiques, telles que l’anxiété ou les changements d’humeur. Plus de 32 espèces ou groupes bactériens figuraient parmi les principaux facteurs prédictifs, mais il s’agissait d’une association et non d’un lien de cause à effet.
« L’important, c’est de comprendre ce que font les bactéries et comment elles interagissent avec les hormones, l’alimentation, le mode de vie ou les médicaments », explique le Dr Espín. Il souligne également que « la question n’est pas seulement de savoir quelles bactéries sont présentes, mais aussi comment elles fonctionnent. Chez les femmes en bonne santé qui ne prennent pas de médicaments, lorsque nous comparons 120 femmes en âge de procréer à 90 femmes ménopausées, nous constatons que la composition globale du microbiote n’est pas radicalement différente. Il n’y a pas de dysbiose majeure, même si des différences fonctionnelles apparaissent. Cela nuance l’idée selon laquelle les changements hormonaux de la ménopause s’accompagnent nécessairement d’une profonde altération du microbiote. » Tous ces facteurs modifient le microbiote, ce qui rend difficile d’attribuer les changements à la seule ménopause, explique-t-il.
Que pouvons-nous faire en attendant que la science progresse ?
Les chercheurs ne suggèrent pas d’essayer de « réparer » le microbiote, mais plutôt d’en prendre soin. Une alimentation saine, riche en légumes, en céréales complètes et en aliments fermentés comme le yaourt ou le kéfir, ainsi qu’une activité physique régulière, un sommeil de qualité et une bonne gestion du stress, font partie des recommandations mises en avant tant par la Dre Vallès-Colomer que par le Dr Espín. Ils recommandent également de limiter la consommation d’aliments ultratransformés et d’alcool, et de ne recourir aux antibiotiques qu’en cas de nécessité.
Les phytoœstrogènes, présents notamment dans le soja et les graines de lin, suscitent également de l’intérêt. Certaines bactéries peuvent transformer la daidzéine, présente dans des aliments végétaux comme le soja, en équol, un composé dérivé de ces aliments qui possède une certaine activité œstrogénique. Cependant, toutes les femmes ne possèdent pas les bactéries capables de le produire.
Les recherches les plus récentes de l’équipe d’Espín explorent comment ces différences individuelles du microbiote pourraient contribuer au développement d’une médecine de précision. Dans un essai mené auprès de femmes ménopausées, l’équipe a étudié comment certains polyphénols — des composés bioactifs présents dans les aliments d’origine végétale — pouvaient influencer le TMAO, une molécule associée à la santé cardiovasculaire et métabolique. La réponse n’était pas la même chez toutes les femmes et dépendait, en partie, des caractéristiques de leur microbiote et de leur capacité à produire des composés tels que l’équol et l’urolithine A.
Ces résultats suggèrent que le microbiote pourrait contribuer à expliquer pourquoi une même intervention nutritionnelle n’a pas exactement les mêmes effets chez tout le monde. Cependant, nous sommes encore loin de pouvoir formuler des recommandations personnalisées en fonction des bactéries intestinales de chaque femme.
À ce jour, il n’existe ni régime miracle ni formule permettant de « réparer » le microbiote pendant la ménopause. Les données scientifiques suggèrent une explication bien plus simple : prendre soin du microbiote à cette étape de la vie en adoptant les mêmes habitudes que celles qui contribuent à une bonne santé générale, tout en poursuivant les recherches sur les interactions entre les bactéries intestinales et les hormones.
Références :
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Vriend, E.M.C., Galenkamp, H., Herrema, H. et al. Machine learning analysis of sex and menopausal differences in the gut microbiome in the HELIUS study. npj Biofilms Microbiomes 10, 152 (2024). https://doi.org/10.1038/s41522-024-00628-z
García-Nicolás M, Jarrín-Orozco MP, Romo-Vaquero M, et al. Dietary (poly)phenols, the gut-brain axis, and menopause: a perspective on an overlooked biological crossroad. Food Funct. 2026 May 12;17(9):3854-3870. doi: 10.1039/d6fo00429f
https://www.nhs.uk/conditions/menopause-and-perimenopause/symptoms/
