Tout sur notre microbiote intestinal

Définition du microbiote

Les scientifiques définissent le microbiote comme « l’ensemble des microorganismes (toutes les bactéries, archées, eucaryotes et virus) présents dans un environnement défini ». Comme le microbiote varie selon son environnement, le microbiote situé dans le tractus intestinal sera par exemple appelé microbiote intestinal.

Définition du microbiome

À l’origine, le terme microbiome était employé pour désigner tous les gènes contenus dans les microorganismes.

Une définition générale du microbiome inclut « l’habitat entier, y compris les microorganismes (bactéries, archées, eucaryotes inférieurs et supérieurs et virus), leurs gènes et les conditions environnementales extérieures ».

Par simplification, le terme « microbiome » est aussi utilisé pour désigner les microorganismes que nous hébergeons dans notre corps et sur notre corps (le microbiote).

About Gut Microbiota

La plus grande population de microorganismes dans le corps humain réside dans l’intestin, ce microbiote étant qualifié d’intestinal. Nous sommes faits d’un « assemblage » de cellules bactériennes et de cellules humaines ; même si, dans un premier temps, nous avons pensé que les cellules bactériennes dominaient en nombre, de récentes études indiquent que les cellules microbiennes et humaines sont présentes en quantités comparables.

Le microbiote intestinal d’un individu de 70 kg, par exemple, contient plus de 100 trillions de microorganismes et pèse environ 200 g (soit l’équivalent d’une mangue de taille moyenne). Il y a 150 à 200 fois plus de gènes dans le microbiote de cet individu que dans l’ensemble de ses cellules.

Le génome humain comporte près de 23 000 gènes alors que notre microbiome comptabilise plus de trois millions de gènes qui produisent des milliers de métabolites. En d’autres termes, nos gènes sont microbiens à plus de 99 %.

Bien qu’il existe un « noyau » composé de groupes bactériens communs à tous les êtres humains en bonne santé (un tiers de notre microbiote intestinal serait commun à la majorité d’entre nous), la composition de chaque microbiote intestinal reste unique et varie selon :

Des facteurs sur lesquels nous pouvons agir :

  • Les modes d’alimentation (lait maternel, lait maternisé et introduction d’aliments solides) ;

  • Les médicaments (antibiotiques, antiacides, médicaments anti-diabète…) ;

  • Les habitudes alimentaires et façons de cuisiner ;

  • Notre environnement et notre mode de vie (milieu rural vs. urbain ; activité physique) ;

  • La prise de poids.

Des facteurs sur lesquels nous ne pouvons pas agir directement :

  • La génétique ;

  • La composante anatomique du tractus intestinal (ex. : l’intestin possède une diversité microbienne supérieure à celle de l’intestin grêle) ;

  • L’âge gestationnel (naissance prématurée vs. naissance à terme) ;
  • Le mode de naissance (naissance par voix basse vs. césarienne) ;
  • L’âge.

Il est intéressant de souligner que, bien que chacun d’entre nous ait un microbiote pécifique qui lui sert de carte d’identité personnelle, ce microbiote apporte à l’Homme des fonctions uniques (ex. : digérer des nutriments que nous ne pouvons pas digérer en tant qu’être humain, produire des vitamines, entre autres).

S’il n’existe pas de consensus sur ce qui constitue ou pas un microbiote sain, les chercheurs ont néanmoins précisé quels en étaient les attributs :

  • Richesse et/ou diversité accrue des espèces : le nombre d’espèces différentes et leurs différences dans un habitat spécifique (ex. : tractus digestif).

  • Résistance, résilience et stabilité dans le temps : la capacité à résister aux perturbations (ex. : traitement antibiotique ou alimentation déséquilibrée) et à recouvrer un état stable ;

  • Grande richesse des gènes microbiens intestinaux : le nombre de gènes microbiens dans l’intestin serait un indicateur de bonne santé générale et métabolique.

Les affections digestives, l’obésité, le diabète, les allergies, le cancer, voire les maladies neurodégénératives, ont été associés à une rupture de l’équilibre dans la composition ou la fonction du microbiote intestinal (une situation que les scientifiques désignent sous le nom de « dysbiose »).

Par conséquent, se centrer sur le microbiote intestinal offre une alternative possible pour soigner les nombreuses maladies chroniques en augmentation dans le monde occidental.

Les bactéries existaient bien avant les êtres humains. À notre connaissance, l’intestin est considéré comme l’un des habitats microbiens les plus densément peuplés sur terre. Chez l’Homme, il existe d’autres microbiotes, dans le nez, la bouche, la gorge, l’intestin grêle, les poumons, le vagin et la peau.

Why is the gut microbiota important

Les fonctions du microbiote intestinal sont multiples :

La défense :

  • Il nous défend contre les microorganismes nuisibles.

  • Il apprend au système immunitaire à distinguer les amis des ennemis.

  • Il dégrade les toxines.

La nutrition :

  • Il permet la digestion de certains aliments (ex. : fibres alimentaires) que l’Homme ne peut pas digérer.

  • Quand le microbiote intestinal décompose les fibres alimentaires, il produit des molécules importantes (ex. : les acides gras à chaines courtes) dont les bénéfices s’étendent hors de l’intestin.

  • Il facilite l’absorption des minéraux (magnésium, calcium et fer).

  • Il synthétise certaines vitamines essentielles (vitamine K et folate (B9)) et des acides aminés (c’est-à-dire les éléments constitutifs des protéines)

Le comportement :

Vu ses fonctions importantes, les chercheurs le considèrent aujourd’hui comme un « organe ».

WHEN does gut microbiota start developing?

La colonisation de l’intestin par le microbiome intestinal humain débuterait à la naissance, mais certains chercheurs ont rapporté que la transmission mère à enfant des bactéries commensales pourrait se produire à travers la barrière placentaire. Le microbiome oral de la mère serait la source des premières bactéries colonisant les nourrissons.

La façon dont le bébé vient au monde exerce une influence majeure sur le microbiote intestinal au tout début de la vie. Lorsque le nourrisson naît par voie basse, il est d’abord colonisé par le microbiote de l’intestin de la mère et le microbiote vaginal. En revanche, quand l’enfant naît par césarienne, il est d’abord exposé au microbiote cutané et à l’environnement hospitalier.

Dès les premiers instants de sa vie, le nourrisson né par voie basse acquiert des bactéries similaires à celles des microbiotes vaginal et fécal de sa mère ; leur diversité sera faible et celles-ci seront principalement liées à l’alimentation du bébé.

Ensuite, le mode d’alimentation – allaitement ou lait maternisé – aura un impact majeur sur la composition du microbiote de l’enfant. Le lait maternel contient non seulement des bactéries vivantes, mais également une grande variété de glucides complexes (appelés oligosaccharides du lait maternel) qui ne peuvent pas être digérés par les bébés ; leur action de prébiotique aura une influence sur la composition des bactéries dans l’intestin du nourrisson. Quant au microbiote intestinal des nourrissons allaités par leur mère, il est dominé par les Lactobacillus et Bifidobacterium. Les bébés nourris au lait maternisé développent ainsi un microbiote ressemblant à celui d’un adulte avec une plus grande diversité bactérienne générale.

La transition de l’allaitement aux aliments solides riches en protéines et fibres entraîne une augmentation de la diversité bactérienne intestinale. Les chercheurs considèrent qu’entre 2 et 3 ans, le microbiote intestinal d’un enfant ressemble à celui d’un adulte, et qu’il restera stable au cours de sa vie d’adulte.

Comment évolue le microbiote ?

Des changements se produisent dans notre microbiote intestinal tout au long de notre vie, de l’enfance à la vieillesse. Alors que le microbiote intestinal varie énormément chez les nouveau-nés, en vieillissant il aura tendance à rester relativement stable. Il se caractérisera par une moindre diversité et la perte de gènes importants (notamment ceux impliqués dans la production d’acides gras à chaines courtes). Cet affaiblissement général de la diversité du microbiote intestinal est concomitant avec une plus grande fragilité des sujets.

Mais, bonne nouvelle, les changements intervenant sur le microbiote intestinal sont en partie évitables avec un mode de vie adapté. Autrement dit, manger sainement, être actif serait la meilleure recette pour conserver notre microbiote intestinal en forme tout au long de la vie.

Les prébiotiques et les probiotiques participent à maintenir le microbiote en bonne santé.

  • Les prébiotiques disponibles naturellement dans certains aliments (ex. : racines de chicorée, légumes et céréales complètes) et compléments alimentaires peuvent être utilisés de manière sélective par nos microorganismes et constituer des atouts pour notre santé.

Si nous ne pouvons pas digérer les fibres et prébiotiques, certaines bactéries bénéfiques le peuvent. En revanche, sachez que les prébiotiques sont utilisés de manière sélective par les microbes résidents.

  • Les probiotiques sont des microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantité suffisante, ont des effets bénéfiques sur l’hôte. En apportant des bactéries vivantes bénéfiques et un grand nombre de composés produits pendant la fermentation, certains produits fermentés comme le yogourt peuvent aider notre microbiote intestinal à garder son équilibre, son intégrité et sa diversité.

Gut microbiota key data and figures

  • Chez l’Homme, il y a à peu près autant de cellules bactériennes que de cellules humaines. Mais les bactéries possèdent 150 à 200 fois plus de gènes que le génome humain.

  • La richesse, la diversité et la stabilité dans le temps du microbiote intestinal sont des facteurs-clés d’un microbiome intestinal sain.

  • Notre intestin est plus qu’un tube. Il est en effet le foyer de plus de cent mille trillions de microorganismes participant à des fonctions de digestion et défense du tractus gastro-intestinal. Ces microorganismes pourraient avoir des implications sur la santé mentale.

  • La composition de notre microbiote intestinal est unique à l’image de nos empreintes digitales.

  • Des facteurs externes peuvent avoir un impact sur notre microbiote intestinal. Si certains sont moins contrôlables (ex. : génétique, modes de naissance, géographie et âge), notre alimentation et notre mode de vie contribuent au bon fonctionnement de notre microbiote intestinal.

  • Ce que nous mangeons nous nourrit, tout en nourrissant les trillions de microorganismes qui vivent dans notre intestin. Si nous voulons garantir la bonne santé de notre intestin, il nous faudra introduire des fibres prébiotiques et des aliments fermentés avec des probiotiques.