Certains indigènes d’Amazonie possèderaient le microbiote le plus riche et diversifié jamais observé chez des humains

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Les Indiens Yanomami, demeurant au fin fond de la forêt amazonienne du Venezuela, possèdent la collection de bactéries la plus diversifiée jamais identifiée chez un être humain. Certaines d’entre elles n’avaient d’ailleurs jamais été découvertes jusqu’alors, selon une étude parue dans Science Advances. Plusieurs de ces nouveaux microbes auraient un effet positif sur la santé, par exemple, la protection de leurs porteurs face aux calculs rénaux.

Les membres de cette tribu semi-nomade habitent depuis des milliers d’années une zone montagneuse reculée du sud du pays. Ils n’étaient jamais entrés en contact avec la civilisation occidentale jusqu’en 2008, lorsqu’un hélicoptère de l’armée vénézuélienne repéra leur village. Dès que la microbiologiste María Gloria Domínguez-Bello, de l’ École de Médecine de l’Université de New-York, eu vent de cette nouvelle, elle demanda l’autorisation d’étudier cette population avant qu’elle n’eut accès à la nourriture et au mode de vie occidentaux et finisse, peut-être, par perdre sa diversité microbienne.

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Un an plus tard, une équipe médicale atterrissait au beau milieu de la jungle afin de prélever des échantillons de selles, peau et bouche de 34 volontaires âgés de 4 à 50 ans. Ces prélèvements ont été envoyés aux États-Unis, où Mme Domínguez Bello, coauteure de l’étude, et son équipe ont séquencé et analysé l’ADN microbien qu’ils contenaient. Ils ont ensuite comparé les résultats à ceux d’un groupe de citoyens des États-Unis ainsi qu’à ceux d’un groupe d’habitants d’un autre village indigène de l’Amazonie vénézuélienne, les Guahibo, et d’un troisième groupe issu d’une commune rurale du Malawi, au sud de l’Afrique (ces deux dernières populations ayant un certain degré d’exposition à un mode de vie et une alimentation plus similaires aux Occidentaux).

Les chercheurs ont découvert que le microbiote des Yanomami était pratiquement deux fois plus diversifié que celui des Américains, et de 30 % à 40 % plus varié que celui des Malawites et des Guahibo. « Cette découverte semble suggérer que le mode de vie moderne influence la biodiversité de notre microbiote ; nous perdons probablement des fonctions qui nous sont nécessaires, par exemple, l’entrainement adéquat de notre système immunitaire pendant l’enfance », souligne Domínguez-Bello.

La communauté composée de cent-mille-milliards de bactéries logée dans nos intestins, soit notre microbiote, joue un rôle essentiel dans la santé humaine. Elle contribue, entre autres, à la digestion des aliments et à l’entrainement et la mise en place de notre système immunitaire. Des études préalables ont associé une diversité microbienne moindre ou l’absence de certaines bactéries à l’augmentation, au cours des dernières décennies, des maladies auto-immunes et métaboliques, de l’asthme à la maladie de Crohn, en passant par le diabète de type 1 ou l’obésité, des pathologies très courantes dans les sociétés occidentales et à peine présentes dans les pays non industrialisés.

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« L’étude des populations isolées comme celle des Yanomami constitue une excellente occasion de faire la lumière sur les bactéries qui nous manquent et celles que nous sommes en train de perdre, et la façon dont ce phénomène influence notre santé. Par exemple, ces tribus nont recours ni aux antibiotiques ni aux césariennes, deux éléments directement liés à la diminution du nombre de bactéries, d’où l’importance de mieux connaitre le microbiote de cette communauté indigène de chasseurs-cueilleurs avant qu’il ne soit altéré » , explique María Gloria Bello-Domínguez.

Au cours de leurs analyses, les scientifiques ont découvert que les Yanomami, outre une plus grande diversité en général, comptaient une grande quantité de bactéries Prevotella, Helicobacter, Oxalobacter et Spirochaeta, à peine présentes chez les résidents des pays au mode de vie occidental. Ils se sont alors penchés sur les fonctions qu’exerçaient ces microorganismes et ont découvert que certains d’entre eux avaient un effet protecteur, comme Oxalobacter, par exemple, qui pourrait même empêcher la formation de calculs rénaux.

À leur grande surprise, ils ont également constaté que le microbiote des membres de cette tribu comptait des gènes résistants aux antibiotiques, y compris ceux de dernière génération, et ce malgré n’avoir jamais ingéré de médicaments ni avoir consommé d’animaux traités pharmacologiquement. « Ils possèdent les gènes de résistance, mais ceux-ci ne sont pas exprimés, ce qui nous conduit à penser qu’ils assurent sans doute d’autres fonctions. Mais nous ignorons encore lesquelles », signale Mme Domínguez-Bello. Les auteurs de l’étude ont déduit que ces gènes pouvaient provenir de l’échange entre les bactéries du microbiote des indigènes et celles présentes dans leur environnement, qui contiennent également ces gènes.

Selon Mme Domínguez-Bello, « dans les sociétés occidentales, nous avons perdu cette diversité. Il devient donc nécessaire d’étudier ces groupes pour savoir ce que nous avons perdu, quelles étaient les fonctions des microorganismes disparus, et la manière de retrouver un microbiote sain ». « Maintenant, le défi à relever est d’identifier les éléments de ce microbiote détruit qui sont essentiels au maintien d’une bonne santé, à un système immunitaire bien entrainé et à un système métabolique salutaire », conclut la scientifique.

GMFH Editing Team