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Si bien se ha identificado una firma común del microbioma intestinal en enfermedades no relacionadas, queda aún por definir un microbioma intestinal saludable

El interés actual de las empresas por ofrecer test de microbioma directos a los consumidores se basa en que se ha relacionado los cambios en la composición o funciones de la microbiota intestinal con casi todas las enfermedades crónicas.

Un análisis reciente de los microbiomas fecales de 8.200 individuos holandeses ha revelado una firma de microbioma intestinal compartida por enfermedades no relacionadas como el cáncer, las enfermedades cardiovasculares, las enfermedades gastrointestinales, las afecciones neuropsiquiátricas y otras afecciones como problemas de la piel y trastornos autoinmunes.

Xpeer ha organizado recientemente, con una beca no condicionada del Biocodex Microbiota Institute, un curso sobre detección, prevención y tratamiento de la disbiosis del microbioma intestinal en el entorno clínico. Durante estas clases, el consultor en gastroenterología y miembro del Comité Científico de la Cumbre Mundial GMFH, Francisco Guarner ha actualizado algunas características del microbioma intestinal alterado que incluyen:

  • Baja riqueza o diversidad microbiana,
  • agotamiento de las bacterias productoras de ácidos grasos de cadena corta e
  • inestabilidad en la composición a lo largo del tiempo.

Una menor diversidad no siempre significa un microbioma intestinal poco saludable.  Un aumento significativo en la ingesta de fibra dietética, por ejemplo, puede mermar temporalmente la diversidad del microbioma debido a un incremento de microbios específicamente dedicados a la degradación de los carbohidratos de las plantas, pero esto no  afecta negativamente la salud humana. Lo mismo sucede con la baja diversidad que muestra el microbioma intestinal de los lactantes amamantados como resultado de la selección de bacterias específicas para degradar los oligosacáridos de la leche materna, lo cual es beneficioso para la salud infantil.

Otro desafío para la investigación del microbioma basada principalmente en la observación de las heces para estudiar la actividad microbiana intestinal es el no haber conseguido aún definir un microbioma intestinal saludable.

Tal y como comentan  las científicas del Centro de Alimentación y Estado de Ánimo de la Universidad de Deakin en Australia Amy Loughman y Heidi M Staudacher en un artículo reciente en The Lancet Gastroenterology & Hepatology:   «Es asombroso todo lo que aún se desconoce del microbioma: todavía no se ha identificado aproximadamente el 20% de las secuencias de genes bacterianos y la función del 40% de los 10 millones de genes sigue siendo una incógnita».

«El  microbioma ‘ideal’ no se ha identificado y probablemente sea muy específico para cada persona»,  Kate Scarlata, titular de un máster en salud pública, nutricionista registrada y dietista gastrointestinal de renombre internacional especializada en intolerancia alimentaria y salud digestiva.

Cada cual tiene el microbioma que se merece, es decir, que el microbioma intestinal de cada individuo ha sido seleccionado entre todos los microbios con los que ha tenido contacto a lo largo de su vida. Es único para cada persona y relativamente estable y resistente, por lo que es difícil predecir si alguien se beneficiaría de una composición específica del microbioma intestinal o de cambiar su microbioma intestinal actual a una nueva composición.

 

Tipos de tests de microbioma en función de su finalidad

Una primera pregunta importante que debe uno plantearse antes de elegir un test de microbioma es qué información proporcionan las pruebas dependiendo de los métodos utilizados, tal y como explica la  investigadora de microbioma Lucy Mailing en su blog de ciencias.

Los tests basados en cultivos no son precisas, ya que favorecen a las bacterias que necesitan oxígeno, en su gran mayoría patógenas, mientras omiten alto las bacterias que crecen sin oxígeno, que incluyen la gran mayoría de los comensales intestinales.

Esto significa que la caracterización basada en el cultivo de los microbios intestinales en condiciones aeróbicas pasa por alto la mayoría de los microbios contenidos en las heces y muestra los patógenos en concentraciones más elevadas que las reales.  En pocas palabras, más fácil de cultivar no significa más importante o abundante. Para superar esta limitación, se están desarrollando tecnologías emergentes como la culturómica  (cultivo de alto rendimiento de microbios anaeróbicos).

El segundo tipo principal de test de microbioma es el de heces molecular basado en la caracterización del ADN en lugar de en el aislamiento de microbios.  Incluye varios tipos de técnicas:

  • Secuenciación del gen ARNr 16S: si el test se basa en la secuenciación del ácido ribonucleico ribosómico 16S presente en todas las bacterias, solo identificará el género de las bacterias (ni la especie ni la cepa).

Sin embargo, el microbioma intestinal no incluye solo el bacterioma. Arqueas, hongos, protozoos, fagos y virus también forman parte del microbioma y generalmente se pasan por alto en este tipo de pruebas de microbioma.

  • PCR dirigida o cuantitativa: este test es más sensible y preciso que el del 16S, ya que puede identificar los microbios a los que se dirige por su especie, lo que incluye no solo bacterias, sino también parásitos, hongos y virus, siempre que se dirija a cada microbio de interés.
  • Metagenómica: esta prueba utiliza la secuenciación profunda para identificar la abundancia de microbios hasta el nivel de cepa y proporciona una estimación de las funciones de los microbios (lo que podría suceder).
  • Meta-transcriptómica y metabolómica: estas son las pruebas más avanzadas, que van más allá de la composición para estudiar la actividad de los microbios intestinales, con transcriptomas en muestras fecales que miden el ARNm microbiano (lo que es probable que suceda) y el metaboloma que proporciona información sobre los metabolitos microbianos (lo que está sucediendo).

Sin embargo, la gran mayoría de los metabolitos medidos en sangre y heces humanas siguen siendo desconocidos.  Aunque ampliamente utilizados en el campo de la investigación, hoy por hoy cuando se va más allá del estudio de la composición para centrarse en la actividad microbiana intestinal, ofrecen poco valor para el profesional de la salud.

Francisco Guarner resume el estado actual de las pruebas de microbioma de la siguiente manera: «Los test de microbioma existentes hoy en día utilizan diferentes técnicas y se centran en la taxonomía. La mayoría de ellos proporcionan poca información con fines diagnósticos o pronósticos».

 

¿Cuándo podrían las firmas microbianas fecales ofrecer potenciales beneficios terapéuticos?

Los expertos coinciden en que es demasiado pronto para saber interpretar la información proporcionada por los test de microbioma. «Si bien son interesantes, por el momento los test de heces del microbioma están demasiado adelantados a su tiempo para ser comercializados entre los consumidores», dice Kate Scarlata.

«Algunos test de microbioma de heces ofrecen información más allá de los microbios en las heces, como las grasas en las heces (para evaluar si existe malabsorción de las grasas) o la elastasa en las heces (un marcador de la producción adecuada de enzimas pancreáticas), pero estas pruebas específicas pueden ser fácilmente realizadas por un profesional de la salud y a menudo están cubiertas por el seguro, a diferencia de los test de microbioma de heces de ‘servicio completo’ que pueden costar mucho dinero al paciente», agrega la científica.

 

Si bien los test de microbioma son aún una técnica en ciernes y es difícil averiguar qué uso dar a sus resultados, las métricas particulares podrían ser útiles en un futuro cercano para guiar algunas decisiones clínicas.

Por ejemplo, algunas investigaciones han demostrado  que en pacientes con síndrome del intestino irritable u obesidad, el microbioma intestinal podría ayudar a discriminar entre los que responden y los que no responden a las intervenciones nutricionales.

Otros estudios piloto han puesto de manifiesto el potencial de las firmas microbianas fecales en  la predicción de la respuesta a un tratamiento biológico en pacientes con enfermedades inflamatorias intestinales o la detección del cáncer colorrectal.

Todavía queda un largo camino por recorrer antes de incorporar estos test a la práctica clínica y es demasiado pronto para recomendar sistemáticamente un test de microbioma rutinario para guiar las decisiones clínicas y dirigir a los pacientes hacia soluciones específicas, como incluir o excluir alimentos o recomendar determinados probióticos o prebióticos basándose en la información proporcionada por estas pruebas.

Como conclusión, a los pacientes que ya llevan viviendo con problemas intestinales cierto tiempo y están interesados en los test de microbioma intestinal como respuesta a sus problemas, Kate Scarlata les recomienda consultar a un gastroenterólogo o dietista gastrointestinal, y desconfiar de los «profesionales» que ofrecen test de heces. Habida cuenta de lo novedoso de estos test de microbioma, Kate Scarlata pone en guardia a los pacientes contra los médicos que ofrecen protocolos rígidos basados en el análisis del microbioma de las heces.

 

Referencias:

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