Le régime alimentaire influence la composition et le fonctionnement du microbiote intestinal ; en même temps, ces microorganismes ont la capacité de modifier les vertus de notre alimentation, ce qui explique pourquoi les personnes réagissent différemment aux mêmes aliments. C’est pourquoi une tomate, par exemple, ne profite pas à tout le monde de la même manière. Alors, pourquoi la recommander à l’ensemble de la population ?

Cette question est au cœur d’une étude récente co-réalisée par Yolanda Sanz, professeure titulaire au Conseil supérieur espagnol de la recherche scientifique (CSIC) à l’Institut d’agrochimie et de technologie alimentaire (IATA), et Patrick Veiga, directeur de recherche à l’Institut MICALIS et au MetaGenoPolis à l’INRAE, publiée dans Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. Dans cet article, les deux chercheurs montrent que la recherche sur le microbiote ouvre la voie à une nutrition de précision qui améliore les recommandations alimentaires uniformisées que nous connaissons.

 

Cette étude est l’occasion d’explorer le lien entre l’alimentation et le microbiome – une relation bidirectionnelle –, et de confirmer une idée qui circulait déjà depuis plusieurs années : il n’existe pas de régime alimentaire universel.

SANZ : La singularité de cette étude réside dans le fait que nous ne parlons plus seulement d’associations [entre le microbiome intestinal et l’alimentation]. Nous nous intéressons désormais aux mécanismes et à la causalité, et surtout à la traduction de la science en outils pratiques pour améliorer la santé publique.

 

Les conseils nutritionnels actuels sont-ils valables ?

SANZ : Jusqu’à présent, ces recommandations pour une alimentation saine étaient fondées sur la consommation d’aliments spécifiques telle qu’établie par les organismes nationaux compétents de chaque pays. Mais elles ne prenaient pas en compte les contributions de la recherche sur le microbiome.

 

Dans l’article, vous mettez en avant le cas des fibres ainsi que la recommandation universelle de 20 à 35 grammes par jour pour les adultes.

VEIGA : Les recommandations en matière de consommation de fibres alimentaires reposent sur des données relatives à l’intestin datant d’il y a plusieurs décennies. La norme de 25 grammes par jour a été fixée à une époque où l’on ne tenait compte que de la digestion et des effets locaux sur l’intestin. Aujourd’hui, afin de mieux prévenir les maladies chroniques, il faudrait sans doute consommer plus que les apports recommandés. Toutefois, nous ne disposons pas encore de données suffisantes pour confirmer cette hypothèse, d’autant plus que la plupart des gens n’en consomment que 20 grammes par jour.  Ainsi, nous ne pouvons pas encore déterminer la quantité optimale de fibres pour vous protéger contre les maladies non transmissibles, telles que les maladies cardiovasculaires, le diabète, les maladies respiratoires chroniques et le cancer. Et  nous ne savons pas en quoi le type de fibres est important.

SANZ : Le terme « fibres » désigne tout un ensemble de substances diverses qui ne peuvent pas être digérées dans l’intestin grêle. Les différents types [de fibres] ont des effets différents, et tout le monde n’en tire pas les mêmes bénéfices. Pour les personnes souffrant de maladies inflammatoires telles que la maladie de Crohn, certaines fibres peuvent être bénéfiques, alors que d’autres peuvent aggraver les symptômes. Cette nuance n’apparaît pas dans les recommandations générales actuelles destinées à la population en bonne santé.

 

En qu’en est-il pour les aliments fermentés ?

VEIGA : Nous savons que l’exposition à des germes et microbes non pathogènes stimule votre système immunitaire. Or, il nous manque encore des données sur différents groupes de personnes pour confirmer et définir la quantité de microbes non pathogènes vivants – ceux qui sont présents dans les aliments fermentés, par exemple – que vous devriez consommer chaque jour, ni comment cette quantité peut varier selon les populations. Nous avons également la preuve que le microbiome des personnes réagit différemment aux aliments fermentés, certains étant permissifs, d’autres résistants. C’est pourquoi nous ne pouvons pas donner la même recommandation à l’ensemble de la population et il nous faut vraiment stratifier les personnes en fonction de facteurs tels que le genre, l’âge, le niveau socio-économique et le régime alimentaire, entre autres. Dans cet article, nous préconisons l’adoption d’une nutrition de précision stratifiée, laquelle se distingue de la nutrition personnalisée.

 

Quelle est la différence ?

VEIGA : La nutrition personnalisée cible l’individu, ce qui est très important et pertinent dans le domaine médical puisque cela peut sauver des vies. Mais celle-ci n’est pas applicable à l’ensemble de la population. En revanche, la nutrition de précision consiste à créer des sous-groupes en fonction de facteurs tels que la composition du microbiote afin de fournir de meilleurs conseils nutritionnels à l’échelle de la santé publique.

 

Disposons-nous de connaissances scientifiques suffisantes pour atteindre cet objectif ?

VEIGA : Dans un avenir proche, certaines études nous aideront à combler nos lacunes. Par exemple, le projet French Gut que nous avons lancé en France permettra de collecter des données sur le microbiome et l’alimentation de 100 000 personnes et de suivre la santé de la population pendant 20 ans. Ainsi, il sera possible d’identifier les biomarqueurs permettant de prédire qui bénéficie de quoi. Nous aimerions pouvoir comprendre pourquoi certains sous-groupes de personnes sont mieux protégés contre les maladies que d’autres et vérifier le rôle éventuel de leur microbiome dans ce sens. Notre but est d’identifier des indicateurs mesurables ou des signes révélateurs de ce qui se passe dans l’organisme (biomarqueurs) qui nous aideront à distinguer ces sous-groupes potentiellement à risque et susceptibles de tirer des bénéfices des recommandations nutritionnelles précises.

SANZ : D’autre part, il nous faudrait approfondir nos recherches en comparant les effets de l’alimentation sur les personnes malades et les personnes en bonne santé. Ces données nous font cruellement défaut et pourraient nous aider à définir la nutrition des personnes atteintes de maladies chroniques.

 

Pouvez-vous nous fournir un exemple concret ?

SANZ : Prenons les polyphénols, ces composés naturels présents dans les aliments végétaux tels que les fruits, les légumes, les herbes, les épices, le thé et le chocolat noir : ils sont considérés comme bons pour la santé, mais leurs effets dépendent de la façon dont votre microbiote intestinal les transforme. Par conséquent, deux personnes, même en bonne santé, peuvent réagir très différemment au même polyphénol.

VEIGA : Nous commençons tout juste à découvrir comment le microbiote pèse sur les effets des composants alimentaires sur la santé, pour le meilleur ou pour le pire. Il est temps que nos recommandations nutritionnelles tiennent compte de cette complexité.

 

Le temps a également toute son importance. Car nos bactéries intestinales apprécient la régularité.

VEIGA : Tout comme vos gènes, vos bactéries intestinales possèdent également une horloge biologique. Ainsi, si vous déjeunez tous les jours à midi, vos gènes et votre microbiote s’y préparent. Il est très important de manger à heures régulières.

 

Comment imaginez-vous la consultation médicale du futur ?

VEIGA ET SANZ : À l’avenir, votre médecin pourrait analyser votre microbiote de la même manière qu’il contrôle votre taux de cholestérol. Et si, par exemple, votre microbiote produit certains métabolites liés au risque cardiovasculaire, tels que le TMAO, il pourrait vous faire remarquer : « Vous présentez un risque cardiovasculaire en raison d’un taux de cholestérol élevé, mais en plus, vous avez des métabolites liés au TMA. Par conséquent, tâchez d’éviter ces derniers ainsi que certains aliments spécifiques utilisés par ces bactéries car, dans votre cas, ils accroissent le risque de maladie. » C’est la direction que nous sommes en train de prendre : utiliser le microbiote pour orienter plus précisément les choix alimentaires.

 

Cet entretien a été modifié afin d’en diminuer la longueur et d’en favoriser la clarté.

Références :

Sanz Y, Cryan JF, Deschasaux-Tanguy M, et al. The gut microbiome connects nutrition and human health. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2025; 22(8):534-555. doi: 10.1038/s41575-025-01077-5.