Las bacterias son un gran grupo de microorganismos procariotas (células sin núcleo, en contraposición a las células eucariotas, que sí disponen de uno y que son las que componen el cuerpo humano) que se encontraban entre las primeras formas de vida en aparecer sobre la Tierra. Son muy comunes en la mayoría de los hábitats del planeta y se relacionan con plantas, animales y humanos, con los que conviven en relaciones de simbiosis (beneficio mutuo), de comensalismo (alimentándose del mismo medio), o parasitarias (en o sobre otros organismos de los que sacan algún provecho). Muchas personas creen que todas las bacterias son agentes patógenos. Si bien algunas pueden resultar dañinas, la mayoría son beneficiosas y necesarias para mantenerse sano.

Las bacterias son de 10 a 50 veces más pequeñas que las células humanas. En el cuerpo humano encontramos cientos de billones de microorganismos, entre los cuales al menos 1.000 especies conocidas de bacterias con más de tres millones de genes, una cantidad 150 veces superior a la de los genes humanos. Amplias comunidades bacterianas se alojan en la piel y en nuestras cavidades, pero la comunidad más importante se encuentra en nuestros intestinos: la microbiota intestinal.