Les bactéries sont un groupe de microorganismes procaryotes (des cellules sans noyaux, par opposition aux cellules eucaryotes qui en sont pourvues et qui sont celles qui forment le corps humain) qui font partie des premières formes de vie apparues sur terre. Elles sont présentes dans la plupart des habitats de la planète et cohabitent avec les plantes et, les animaux et les hommes, avec lesquels elles entretiennent des relations symbiotiques (à bénéfice mutuel), de commensalisme (mangeant dans le même milieu) ou parasitaires (en vivant sur ou dans un autre organisme et en tirant profit). Beaucoup considèrent les bactéries comme pathogènes. Bien que certaines d’entre elles le soient, la plupart sont bénéfiques et nécessaires au maintien d’une bonne santé.

Les bactéries sont de 10 à 50 fois plus petites que les cellules humaines. Le corps humain héberge cent-mille milliards de microorganismes, parmi lesquels au moins 1 000 espèces connues de bactéries comptant plus de trois millions de gènes, soit 150 fois plus que de gènes humains. De grandes communautés bactériennes sont logées sur notre peau, dans nos cavités. La communauté la plus importante se trouve dans nos intestins, c’est le microbiote intestinal.