Es una especie bacteriana que vive en el intestino de muchas personas sin causarles daño alguno. En la comunidad microbiana de los intestinos existe un equilibrio entre las bacterias «buenas» (beneficiosas) y las potencialmente dañinas (patógenas). Los problemas comienzan cuando se produce un desequilibrio, a menudo a causa de un tratamiento antibiótico. Si el número de C-difficile aumenta drásticamente, pueden aparecer una serie de síntomas como la diarrea o una inflamación del colon, entre otros.

Las infecciones de C-difficile afectan esencialmente a pacientes que acaban de someterse a un tratamiento antibiótico o que se encuentran en hospitales o instalaciones de cuidados a largo plazo. Actualmente, se está estudiando la eficacia del trasplante de microbiota fecal como tratamiento potencial para estas infecciones. Por otra parte, algunos probióticos pueden restablecer una microbiota intestinal eficiente para controlar el crecimiento excesivo de C-difficile.