También conocido como trasplante fecal o trasplante de heces, consiste en trasplantar muestras de heces (con bacterias y sus metabolitos) de un individuo sano a otra persona con trastornos del equilibrio de la microbiota. A pesar de haber demostrado su eficacia en pacientes de infección resistente por C. difficile, su uso no ha sido aún autorizado de forma generalizada. Los expertos continúan estudiando esta técnica, y no existe un consenso sobre sus posibles efectos adversos.