Plus encore que vos gènes, votre alimentation constitue l’un des facteurs clés pour préserver la bonne santé de votre microbiome intestinal. Toutefois, nous ignorons si l’alimentation façonne le microbiome intestinal en fonction des habitudes alimentaires du pays où nous vivons, ainsi que l’impact réel des microorganismes alimentaires sur l’intestin humain.

Des chercheurs ont examiné les données de 21 561 personnes aux États-Unis, au Royaume-Uni et en Italie. Ils ont constaté que la consommation quantitative de bons aliments d’origine végétale a plus d’effet sur les microbes intestinaux bons pour la santé cardiovasculaire que l’adoption d’un régime alimentaire donné.

Pour trouver les signatures microbiennes des régimes alimentaires, les auteurs ont exploité les génomes et les gènes collectifs des microorganismes intestinaux rencontrés dans les échantillons de selles de 21 561 participants qui ont également indiqué leurs habitudes alimentaires à long terme. La métagénomique shotgun, une analyse de tout l’ADN microbien présent dans les selles à l’aide de méthodes d’apprentissage automatique, a permis aux chercheurs d’identifier les microorganismes jusqu’au niveau de la souche et d’estimer le potentiel fonctionnel microbien.

Les régimes végétalien, végétarien et omnivore sont associés à des profils de bactéries intestinales très différents et susceptibles d’exercer une influence sur la santé. Le régime végétalien a été associé à un plus grand nombre de bactéries intestinales bénéfiques, notamment les producteurs d’acides gras à chaîne courte, d’où des effets bénéfiques potentiels sur la santé cardiaque.

En revanche, les mangeurs de viande rouge présentaient des niveaux plus élevés de microbes facilitant la digestion de la viande, lesquels ont été associés à un risque accru de cancer du côlon, de maladies inflammatoires de l’intestin et de maladies cardiovasculaires. Les végétariens possédaient une signature microbienne intestinale intermédiaire, située entre celle des végétaliens et celle des omnivores.

Cela signifie que la santé intestinale des personnes consommant des aliments d’origine animale et végétale n’est pas nécessairement condamnée. Chaque groupe alimentaire produit un effet unique sur l’intestin. Certaines bactéries intestinales apparaissent d’ailleurs aussi bien chez les personnes omnivores que chez les personnes végétariennes et végétaliennes, en particulier si ces personnes intègrent des quantités similaires de fruits, de légumes, de céréales complètes et de légumineuses dans leurs menus.

Mais, dans les faits, les participants omnivores à l’étude ont consommé beaucoup moins d’aliments végétaux sains que les végétariens ou les végétaliens, ce qui explique pourquoi de moindres avantages pour l’intestin ont été observés dans ce premier groupe.

Le type de régime alimentaire a également entraîné l’acquisition de microbes issus de certains aliments, en particulier des produits laitiers. Par exemple, Streptococcus thermophilus, qui est généralement utilisé dans l’élaboration de yogourt, était l’espèce qui permettait de différencier le plus les microbiomes intestinaux des végétaliens et des végétariens. Les microorganismes liés à l’alimentation étaient plus nombreux chez les omnivores et les végétariens consommant des produits laitiers, des fruits et des légumes. En revanche, les microorganismes liés à l’alimentation étaient moins nombreux dans le microbiome fécal des végétaliens. Les produits laitiers, les fruits et les légumes sont les aliments qui ont transféré le plus de microorganismes dans le microbiome intestinal des participants. Ainsi, les méthodes pour cultiver les fruits et légumes et le travail sur les sols pourraient également contribuer à la diversité du microbiome intestinal humain.

En résumé, ces nouvelles découvertes réalisées au sein d’une vaste population végétalienne, végétarienne et omnivore montrent que la diversité microbienne intestinale reflète les modèles alimentaires et que les régimes basés sur l’ingestion de fruits et légumes favorisent la santé intestinale. Les microbes communs, qui ont été observés chez les omnivores, les végétaliens et les végétariens, sont déterminés par l’ensemble du régime alimentaire et sont en rapport avec les microorganismes intrinsèquement présents dans les produits laitiers, les fruits et les légumes.

 

Références :

  1. Fackelmann G., Manghi P., Carlino N. et al. Gut microbiome signatures of vegan, vegetarian and omnivore diets and associated health outcomes across 21,561 individuals. Nat Microbiol. 2025; 10(1):41-52. doi: 10.1038/s41564-024-01870-z.
  2. Wicaksono W.A., Cernava T., Wassermann B. et al. The edible plant microbiome: evidence for the occurrence of fruit and vegetable bacteria in the human gut. Gut Microbes. 2023; 15(2):2258565. doi: 10.1080/19490976.2023.2258565.