Microbiome : la nouvelle empreinte digitale ?

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Une nouvelle étude menée par l’école de Santé Publique TH Chan de Harvard  a révélé que les plus de cent-mille milliards de microbes hébergés dans notre organisme, le microbiote humain, pourraient nous identifier comme individus uniques tel que le font nos empreintes digitales. Il semblerait que ces microorganismes personnels possèdent des caractéristiques distinctives qui pourraient un jour s’avérer utiles pour nous identifier. Cette étude, parue dans le journal PNAS, est la première à montrer de manière rigoureuse qu’il est possible d’identifier une personne à l’aide des données tirées de son microbiome.

Les chercheurs se sont servis de la base de données publique du Projet Microbiome Humain (Human Microbiome Project – HMP), pour examiner les microbes de 242 individus au cours de 12 mois. Ils ont ensuite utilisé une version adaptée d’un algorithme informatique classique afin de scanner le code génétique microbien individuel et chercher, à travers les différentes séquences, des modèles uniques à chaque individu. Pour ce faire, ils ont combiné des séquences stables et distinctives des échantillons initiaux du microbiome des individus et les ont comparées aux échantillons de ces mêmes individus collectés lors de visites ultérieures et à des échantillons collectés auprès des personnes du groupe témoin.

Les scientifiques ont constaté que les « codes » étaient uniques parmi des centaines de participants et que, en outre, un certain nombreux d’entre eux, plus de 80 %, demeuraient stables pendant toute une année, durée de l’étude. Ils ont été capables d’identifier « une sorte d’empreinte digitale du microbiome », car, comme pour le génome, dans le cas du microbiome de nombreux aspects sont communs à plusieurs individus, mais les différences existantes sont suffisantes pour distinguer une personne des autres.

 

« Relier un échantillon d’ADN humain à une base de données d’“empreintes digitales” d’ADN humain est la base de la génétique médicolégale, et cela depuis des décennies. Nous avons démontré que le même type de classement est possible en utilisant les séquences d’ADN des microbes logés dans le corps humain, sans qu’aucun ADN humain soit nécessaire, » a déclaré l’auteur principal Eric Franzosa, chercheur associé du Département de Biostatistiques à Chan, Harvard,  dans un communiqué de presse. . Il a par ailleurs voulu attirer l’attention sur le fait que ceci ouvre la voie à relier les échantillons de microbiome humain et des bases de données, ce qui pourrait poser d’éventuels problèmes éthiques, en exposant certaines informations personnelles sensibles comme, par exemple, les infections sexuellement transmissibles, détectables à partir d’un simple échantillon de microbiome.

La science médicolégale se sert des petites différences dans le génome humain pour identifier les individus. Franzosa et son équipe croient que la même méthode pourrait être appliquée aux informations fournies par le microbiome dans les cas où l’ADN humain n’est pas disponible ou se trouve trop détérioré. Qui sait si un jour le séquençage du microbiome deviendra un outil efficace dans les investigations criminelles.

L’auteur souligne que l’étude pourrait en outre avoir certaines implications sur la recherche dans l’univers de l’écologie microbienne, du fait qu’elle suggère que ces résidents microbiens, qui nous sont propres, sont connectés à notre histoire et l’environnement de notre corps, notamment notre génétique, notre régime alimentaire et notre évolution, de telle façon qu’ils restent unis à nous et nous aident à combattre les organismes envahisseurs.

GMFH Editing Team