Le monde invisible qui vit en nous

Les microbes ont souvent mauvaise presse. Lorsque vous entendez les mots « bactérie », « virus » ou « champignon », votre première pensée est peut-être « infection » ou « maladie ». Il est vrai que, dans la culture populaire, les microbes ont longtemps été présentés comme des agents invisibles qui nous rendent malades. Mais la science actuelle nous conte une tout autre histoire.

Notre intestin abrite une communauté complexe de bactéries, de champignons, de virus et d’archées, qui est désignée collectivement sous le nom de « microbiote intestinal ». Loin d’être une menace, ces microorganismes qui habitent notre intestin sont nos alliés, car beaucoup d’entre eux exercent des fonctions essentielles pour notre organisme1. Ils nous aident ainsi à digérer les fibres, à produire des nutriments essentiels (des acides gras à chaîne courte, de la vitamine K et la plupart des vitamines B, etc.), à entraîner notre système immunitaire et à nous protéger contre les agents pathogènes nocifs. Les chercheurs viennent de découvrir que le plus important n’est pas de savoir si un microbe est « bon » ou « mauvais », mais s’il se trouve au bon endroit et dans une bonne proportion. En effet, le déséquilibre d’une communauté microbienne peut rendre certains de ses membres nocifs. Cependant, lorsqu’ils sont présents dans un microbiote intestinal sain et équilibré, ses membres ont des effets protecteurs ou bénéfiques pour la santé. Dans cette optique, à l’occasion d’Halloween, nous mettons sous les projecteurs certains habitants de l’intestin dont les noms peuvent sembler glaçants, mais dont les fonctions sont tout sauf terrifiantes.

 

Voici quelques-uns de ces microbes pas si effrayants

Akkermansia muciniphila

Découverte relativement récemment, en 2004, la bactérie Akkermansia muciniphila est rapidement devenue l’un des membres les plus étudiés du microbiote intestinal. Cette bactérie est loin de nous menacer. Vivant près de la muqueuse intestinale, elle se nourrit de la couche muqueuse, non pas pour lui nuire, mais pour en préserver la santé, en stimulant le renouvellement de la paroi intestinale et en renforçant la barrière intestinale.

Ce qui rend Akkermansia vraiment fascinante, c’est son potentiel en tant que « probiotique de nouvelle génération »2. Ce type de nouveaux probiotiques fait actuellement l’objet de recherches et de développements qui visent plus précisément à traiter des maladies spécifiques, contrairement aux probiotiques traditionnels tels que Lactobacillus et Bifidobacterium qui se concentrent principalement sur la santé intestinale. Les chercheurs sont en train d’étudier sa capacité à influencer la santé intestinale et métabolique, en aidant à réguler le taux de glucose, le poids corporel et les réponses immunitaires.

La recherche a établi un lien entre des niveaux élevés d’Akkermansia et un risque moindre d’obésité et de diabète de type 2, ce qui en fait une candidate prometteuse pour redéfinir l’avenir des thérapies probiotiques qui cherchent à améliorer la santé des muqueuses et l’équilibre métabolique général. Dans le contexte des maladies inflammatoires de l’intestin ou d’une perturbation du microbiote intestinal après un traitement antibiotique, certaines données scientifiques obtenues avec des souris invitent toutefois à la prudence lors de l’utilisation d’A. muciniphila comme probiotique.

 

Clostridium butyricum

Clostridium butyricum est une bactérie commensale humaine qui habite naturellement l’intestin et offre de multiples avantages. Elle se développe en fermentant les fibres alimentaires et d’autres matières qui ne sont pas dégradées par l’hôte et, ce faisant, elle produit du butyrate, un acide gras à chaîne courte essentiel pour nourrir les cellules intestinales, renforcer la barrière intestinale et réduire l’inflammation.

Au-delà de son rôle dans la production de butyrate, C. butyricum forme également des spores qui lui permettent de survivre dans l’environnement acide de l’estomac et d’atteindre les intestins, vivante, même lorsqu’elle est prise par voie orale. Une fois dans l’intestin, elle favorise l’équilibre intestinal en augmentant les niveaux de bactéries qui nous protègent contre les maladies ainsi qu’en inhibant les bactéries qui peuvent nous rendre malades. Ce probiotique potentiel fait actuellement l’objet d’études dans le domaine des maladies associées à des lésions épithéliales intestinales. Il pourrait préserver la santé intestinale, maintenir l’intégrité de la barrière intestinale, inhiber les bactéries pathogènes et réduire le risque de translocation, c’est-à-dire le passage de microorganismes de l’intestin dans le sang3-5.

 

Escherichia coli

E. coli est l’un des noms les plus connus en microbiologie, encore que son rôle soit souvent mal compris. Si certaines souches peuvent provoquer des infections, la plupart des Escherichia coli présentes dans l’intestin humain sont inoffensives, voire bénéfiques. Ces souches commensales participent à des fonctions indispensables telles que la production de vitamine K, le métabolisme des nutriments et le maintien de l’équilibre microbien en empêchant les bactéries nocives de prendre le dessus.

La souche E. coli Nissle 1917 qui est étudiée depuis plus d’un siècle est aujourd’hui l’une des bactéries probiotiques les mieux connues dans le champ de la santé intestinale. Elle a été utilisée dans divers contextes cliniques pour soutenir l’équilibre intestinal et aider à prévenir les troubles gastro-intestinaux. Malgré son succès et à l’instar d’autres probiotiques, elle est associée à un risque faible d’infection chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli. Cet aspect potentiellement « Jekyll et Hyde » des probiotiques devrait – étant donné leur double nature – inciter les patients et les consommateurs, en particulier s’ils présentent une immunodéficience due à des pathologies comme le cancer, le VIH ou une greffe d’organe6, à consulter un professionnel de la santé avant toute utilisation.

 

Saccharomyces boulardii

Découverte pour la première fois en 1923 par le chercheur français Henri Boulard dans des fruits tropicaux tels que le litchi et le mangoustan, Saccharomyces boulardii est une levure dont la réputation de probiotique est bien établie. Oui, vous avez bien lu ! Notre écosystème intestinal abrite également des champignons désignés collectivement sous le terme  de mycobiome intestinal.

Bien que les champignons soient beaucoup moins nombreux dans le microbiote intestinal que les autres microbes, ils sont beaucoup plus volumineux que les bactéries et les virus. Contrairement aux bactéries, S. boulardii ne colonise pas l’intestin de manière permanente ; il agit plutôt comme un allié temporaire qui aide à limiter les altérations et à rétablir l’équilibre en cas de perturbation, notamment après un traitement antibiotique.

Des études cliniques ont montré que S. boulardii aide à rétablir l’équilibre microbien, renforce la barrière intestinale et peut aider à prévenir et à traiter certaines infections, telles que la diarrhée du voyageur et celles causées par Helicobacter pylori7.

 

Streptococcus thermophilus

Streptococcus thermophilus est surtout connue comme l’une des cultures de levains utilisées dans la fermentation du yogourt et du fromage. Mais au-delà de sa renommée culinaire, cette bactérie joue un rôle précieux dans la santé humaine. En transformant le lactose en acide lactique grâce à un processus de fermentation, elle aide les personnes souffrant d’une légère intolérance au lactose à digérer plus facilement les produits laitiers (sans symptômes) tout en contribuant à l’équilibre intestinal global8.

Des études récentes8 suggèrent que S. thermophilus pourrait également influencer la composition microbienne intestinale et favoriser la régulation immunitaire en interagissant avec le métabolisme des sels biliaires et les enzymes digestives. Son double rôle – à la fois dans l’alimentation et dans la santé intestinale – montre bien que la consommation quotidienne d’aliments fermentés (et donc de microbes vivants) peut être bénéfique à l’hôte à plusieurs titres.

 

Candida albicans

Candida albicans est une levure qui vit naturellement dans l’intestin d’environ 50 à 60 % des adultes9. Dans des conditions équilibrées, elle coexiste pacifiquement avec le reste du microbiote et offre même quelques avantages, tels que le soutien de la régulation immunitaire et la protection contre les bactéries pathogènes comme Clostridioides difficile, une bactérie très contagieuse qui provoque des diarrhées et des colites dès lors qu’un microbiote intestinal normal est perturbé.

Lorsque cet équilibre est bouleversé, par exemple par la prise d’antibiotiques ou le stress, C. albicans peut passer du statut d’hôte inoffensif à celui de trouble-fête. Sa prolifération a été associée à une inflammation intestinale et, chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli, elle peut parfois causer des infections graves. De nombreuses femmes connaissent bien les infections à C. albicans (muguet) qui se développent après la prise d’antibiotiques10. Cela nous rappelle qu’il est important de contrôler cette levure « opportuniste » pour préserver l’harmonie microbienne globale11.

 

 

L’équilibre est la clé de tout

Helicobacter pylori, Fusobacterium nucleatum et Clostridioides difficile sont d’autres microbes qui semblent dangereux. Dans certaines conditions, ils peuvent provoquer des maladies : par exemple, lorsque C. difficile se met à proliférer à la suite d’un traitement antibiotique ; ou lorsque F. nucleatum quitte son habitat naturel pour se retrouver dans l’intestin au lieu de la bouche.  Mais les chercheurs ont découvert que le contexte a toute son importance vu que certaines de ces espèces jouent un rôle régulateur ou protecteur lorsqu’elles coexistent en harmonie avec d’autres.

Le monde microbien n’est pas divisé en super-vilains et en super-héros. Il est formé d’écosystèmes dynamiques et notre santé dépend du maintien de leur équilibre. L’alimentation, le stress, la qualité du sommeil, les antibiotiques, voire d’autres types de médicaments, peuvent modifier cet équilibre. Consommer des aliments riches en fibres, des produits fermentés et conserver un mode de vie équilibré sont des moyens essentiels pour renforcer les milliards de microbes qui préservent la santé de notre intestin… mais aussi du reste de notre organisme.

Au cours de la nuit d’Halloween, au lieu de craindre le monde de l’invisible, célébrez-le !

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Références :

  1. Álvarez J, Fernández Real JM, Guarner F, et al. Gut microbes and health. Microbiota intestinal y salud. Gastroenterol Hepatol. 2021;44(7):519-535. doi:10.1016/j.gastrohep.2021.01.009.
  2. Liu, Y., Li, Z., Lee, S.C. et al.Akkermansia muciniphila: promises and pitfallsfor next-generation beneficial microorganisms. Arch Microbiol 207, 76 (2025). doi.org/10.1007/s00203-025-04263-w.
  3. Ariyoshi T, Hagihara M, Takahashi M, Mikamo H. Effect of Clostridium butyricumon Gastrointestinal Infections. Biomedicines. 2022; 10(2):483. doi.org/10.3390/biomedicines10020483.
  4. Yang, Q., Zaongo, S.D., Zhu, L. et al.The Potential of Clostridium butyricum to Preserve Gut Health, and to Mitigate Non-AIDS Comorbidities in People Living with HIV. Probiotics & Antimicro. Prot. 16, 1465–1482 (2024). doi.org/10.1007/s12602-024-10227-1.
  5. Stoeva, M. K., Garcia-So, J., Justice, N., Myers, J., Tyagi, S., Nemchek, M., … Eid, J. (2021). Butyrate-producing human gut symbiont, Clostridium butyricum, and its role in health and disease. Gut Microbes, 13(1). doi.org/10.1080/19490976.2021.1907272.
  6. Falzone, Luca et al. “Benefits and concerns of probiotics: an overview of the potential genotoxicity of the colibactin-producing Escherichia coli Nissle 1917 strain.” Gut microbes vol. 16,1 (2024): 2397874. doi:10.1080/19490976.2024.2397874.
  7. Waitzberg D, Guarner F, Hojsak I, et al. Can the evidence-based use of probiotics (notable Saccharomyces boulardii CNCM I-745 and Lactobacillus rhamnosus GG) mitigate the clinical effects of antibiotic-associated dysbiosis? Adv Ther. 2024; 41(3):901-914. doi: 10.1007/s12325-024-02783-3.
  8. Ahn SI, Kim MS, Park DG, Han BK, Kim YJ. Effects of probiotics administration on lactose intolerance in adulthood: A meta-analysis. J Dairy Sci. 2023;106(7):4489-4501. doi:10.3168/jds.2022-22762.
  9. Bays DJ, Savage HP. 2025. Candida albicans gastrointestinal colonization resistance: a host-microbiome balancing act. Infect Immun 93:e00610-24. doi.org/10.1128/iai.00610-24.
  10. Kumamoto CA, Gresnigt MS, Hube B. The gut, the bad and the harmless: Candida albicans as a commensal and opportunistic pathogen in the intestine. Curr Opin Microbiol. 2020;56:7-15. doi:10.1016/j.mib.2020.05.006.
  11. Li W, Chen H, Tang J. Interplay between Bile Acids and Intestinal Microbiota: Regulatory Mechanisms and Therapeutic Potential for Infections. Pathogens. 2024; 13(8):702. doi.org/10.3390/pathogens13080702.