L’alimentation, les antibiotiques et la localisation géographique peuvent influencer le façonnement du microbiome intestinal. Rencontre avec Rob Knight à l’occasion de la Journée Mondiale sur le Microbiome 2019

En ce 27 juin a lieu la Journée Mondiale du Microbiome et, en cette occasion, les rédacteurs de GMFH ont échangé le Dr Rob Knight, directeur fondateur du Centre pour l’Innovation du Microbiome et professeur de pédiatrie à l’Université de Californie San Diego, à du microbiote intestinal et comment les micro-organismes pourraient aider à limiter le développement de la résistance aux antibiotiques.

 

Des facteurs tels que l’alimentation, les antibiotiques et la localisation géographique peuvent influencer la configuration microbienne de l’intestin

Des observations issues de diverses études et projets scientifiques ont montré que le mode de vie et l’alimentation affectent la diversité du microbiome intestinal humain. Par exemple, le nombre de sources différentes de végétaux dans l’alimentation d’un individu a un impact le plus important sur la diversité de son microbiome intestinal. « La différence entre les individus qui mangent seulement quelques types de végétaux par semaine et ceux qui consomment plus de 30 sources de végétaux a eu un effet plus fort que l’utilisation récente d’antibiotiques », explique Rob Knight.

« Heureusement, nous pouvons nous attendre à recueillir plus de données par l’intermédiaire du Projet Américain sur l’Intestin (American Gut Project (AGP)), qui fait maintenant partie de l’initiative Microsetta * (TMI) », explique Rob Knight. À ce jour, plus de 21 000 personnes ont participé au projet, dans plus de 40 pays. En plus d’examiner le microbiote intestinal, les scientifiques ont recueilli les habitudes alimentaires (micro et macro-nutriments), les mesures anthropométriques (taille, poids), des informations sur le mode de vie et les maladies des participants au moyen de questionnaires validés.

« Nous planifions d’explorer d’autres endroits du monde et au-delà du tractus gastro-intestinal humain en raison de la contribution cruciale des micro-organismes pour assurer un avenir durable sur le plan environnemental ; cecien incluant une population plus globale et en améliorant la collecte des habitudes alimentaires des participants afin d’accroître la connaissance de l’impact du microbiome sur la santé humaine. Le but ultime est de développer des solutions nutritionnelles sur mesure pour un intestin et un microbiote en bonne santé » conclut Knight.

 

Comprendre ce qu’est un microbiome sain est un défi

L’un des principaux défis de la recherche sur le microbiome est de comprendre ce qu’est un microbiome en bonne santé. Selon Rob Knight, « la définition d’un microbiome intestinal en bonne santé peut dépendre du contexte et, est très spécifique à la personne (par exemple, pour différentes tranches d’âge, des populations, etc.) ». Par conséquent, nous ne pouvons pas définir ce qu’est un microbiome sain en fonction de la présence d’organismes spécifiques. En fait, nous ne pouvons même pas énoncer le contraire : un microbiome déséquilibré ne peut pas être défini par la présence de bactéries pathogènes car il est normal d’observer des organismes considérés comme des agents pathogènes, tels que Clostridium difficile, chez des individus en bonne santé.

Photo by Casey A. Cass/University of Colorado

L’alimentation, les probiotiques et les phages peuvent aider à lutter contre la résistance aux antibiotiques

En se concentrant sur le thème de la Journée Mondiale du Microbiome 2019 et concernant l’impact de l’alimentation sur l’aide pour limiter la résistance aux antibiotiques, Rob Knight a précisé qu’il s’agissait d’un domaine prometteur mais qui est encore à ses débuts. Par exemple, des antibiotiques ont été détectés dans des échantillons de matières fécales chez des individus, qui ont déclaré ne pas avoir consommé d’antibiotiques au cours de l’année écoulée !

Les individus qui mangeaient plus de 30 sources différentes de végétaux par semaine avaient également moins de gènes de résistance aux antibiotiques dans leur microbiome intestinal que les personnes qui n’en consommaient que 10  ou moins. Les scientifiques doivent explorer les causes de ce phénomène et l’impact à long terme de la consommation d’antibiotiques sur le microbiome intestinal.

Au-delà de l’alimentation, une consommation régulière de probiotiques pourrait également contribuer à limiter l’augmentation de bactéries résistantes aux antibiotiques. Une récente revue de plusieurs études a montré que les nourrissons et les enfants ayant consommé des probiotiques pour réduire l’apparition et la durée des infections aiguës des voies respiratoires et digestives ont moins de risques de se voir prescrire des antibiotiques.

En ce qui concerne la modulation du microbiote intestinal dans le but de réduire la résistance bactérienne aux antibiotiques, la professeure Steffanie Strathdee, de l’Université de San Diego, est une pionnière de la thérapie des phages (il s’agit de l’utilisation de virus qui attaquent les bactéries pour traiter les infections) pour lutter contre les bactéries résistantes aux antibiotiques impliquées dans des maladies mortelles. Les phages sont donc un autre outil potentiel pouvant contribuer à réduire la résistance aux antibiotiques.

 

*: L’Initiative Microsetta a trois objectifs principaux. 1/ permettre à n’importe qui à travers le monde de s’engager dans la recherche sur le microbiome, 2/ rassembler de façon éthique de l’information au sujet de l’état de santé, de l’historique médical, du mode de vie et de l’alimentation des participants pour mieux comprendre les microbiomes humains entre les populations, et 3/ produire des données de haute qualité à propos des communautés microbiennes qui habitent notre corps et, ces informations seront disponibles à l’utilisation par quiconque.

Andreu Prados
Andreu Prados
Andreu Prados est pharmacien et diététicien-nutritionniste (B.Sc.). Rédacteur scientifique spécialisé en microbiote intestinal et probiotiques, il travaille également en tant que conférencier et conseiller en nutrition et santé. Retrouvez Andreu sur Twitter @andreuprados