Grandir avec les microbes : comment Le French Gut Kids suit l’évolution de l’intestin depuis sa naissance

© Le French Gut

Nos mères nous font beaucoup de cadeaux à la naissance, l’un d’eux est inestimable puisqu’il est le garant d’une bonne santé prolongée : il est en lien avec la formation de notre microbiome intestinal. Au cours de votre existence, cette vaste communauté composée de milliards de microorganismes, principalement des bactéries, joue un rôle central dans la digestion, l’immunité et le métabolisme. Pendant les deux premières années de la vie, ce noyau microbien se développe et se stabilise en fonction de facteurs tels que l’allaitement maternel, l’environnement familial, l’exposition aux animaux domestiques et la prise d’antibiotiques.

Aujourd’hui, les chercheurs comprennent assez bien comment le microbiome se forme au début de la vie, puis évolue à l’âge adulte. Des milliers d’études décrivent comment ces communautés microbiennes changent au fil du temps et comment ces changements sont liés aux risques de maladie, voire à la longévité. Toutefois une zone d’ombre subsiste : qu’advient-il du microbiome intestinal entre nos 3 et nos 18 ans ?

C’est précisément la question à laquelle souhaite répondre le nouveau projet Le French Gut Kids. Une importante équipe de chercheurs prévoit ainsi de sélectionner 10 000 enfants et adolescents dans toute la France. Jusqu’en 2029, l’idée est d’examiner de près le mode de vie et les « estomacs » de cette population afin de comprendre comment le microbiote intestinal évolue de la petite enfance à l’âge adulte, et d’identifier les marqueurs qui pourraient aider à prédire les parcours de santé et les risques de maladie qui se présenteront plus tard au cours de l’existence.

« Nous constatons que les maladies et les troubles mentaux sont en augmentation chez les enfants et les adolescents. Par ailleurs, nous observons chez les adultes des troubles dont les origines remontent parfois aux toutes premières années de la vie », explique Hervé Blottière, responsable scientifique du projet.

 « L’enfance est une période cruciale pour la constitution du microbiome qui sera le vôtre pendant toute votre vie. Nous souhaitons savoir exactement comment il se forme et répondre à des questions telles que le rôle de l’alimentation, du mode de vie et de l’environnement dans la diversité intestinale ; la manière dont le microbiome se constitue dès la naissance ; la manière dont les microbes des parents sont transmis aux enfants ; et le rôle de l’ensemble dans plusieurs maladies courantes », ajoute Blottière.

Lancé en novembre, le projet s’appuie sur Le French Gut, une initiative qui a vu le jour en 2022. Ces deux initiatives sont coordonnées par l’INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement) en collaboration avec l’AP-HP (Assistance publique – Hôpitaux de Paris) et soutenues par un consortium de 15 membres.

« Nous souhaitons savoir exactement comment il se forme et répondre à des questions telles que le rôle de l’alimentation, du mode de vie et de l’environnement dans la diversité intestinale ; la manière dont le microbiome se constitue dès la naissance ; la manière dont les microbes des parents sont transmis aux enfants ; et le rôle de l’ensemble dans plusieurs maladies courantes »

Un autre objectif de l’étude est de sensibiliser les enfants et les adolescents au fait que le microbiome intestinal est important pour la santé et que l’alimentation est l’une des manières de le préserver. Dans cette optique, un matériel pédagogique à l’attention des écoles primaires et secondaires a été développé. Il existe également un podcast sur les bactéries, ainsi que des vidéos, des expositions et des contenus numériques interactifs.

Afin d’approfondir leurs connaissances sur la santé intestinale des enfants et des adolescents, les participants sont invités à remplir des questionnaires et à envoyer des échantillons de selles à un laboratoire central. Le recrutement de jeunes participants volontaires se fait en partie à travers les parents déjà impliqués dans Le French Gut, puisque 30 000 volontaires ont déjà rejoint le projet, principalement des femmes âgées de 30 à 70 ans. Les réseaux sociaux et les influenceurs sont également sollicités car ils constituent « un outil vraiment puissant » d’après les chercheurs. Toute personne intéressée peut s’inscrire à l’adresse suivante : https://lefrenchgut.fr/

L’une des principales difficultés du projet sera de prélever un échantillon vraiment représentatif de la société française et de ne pas se contenter d’inclure des personnes ayant réalisé des études supérieures. L’autre défi sera de gérer et d’analyser la grande quantité de données obtenues. « Les parents, les enfants, la métagénomique et les registres de santé nous fourniront une énorme quantité d’informations. Pour les traiter, il nous faudra des ressources informatiques et de la “matière grise” – cliniciens, bioinformaticiens, microbiologistes ou écologistes », explique Patrick Veiga, directeur scientifique du French Gut Kids et directeur de recherche de l’unité MetaGenoPolis à l’INRAE.

« À la fin du projet, nous aimerions fournir des recommandations à la société, ainsi qu’aux décideurs politiques qui ont la possibilité d’intervenir dans le domaine de la santé publique », explique Veiga. Ces recommandations pourraient inclure des changements tels que l’enrichissement des menus des cantines scolaires avec des aliments riches en fibres, des polyphénols et des yaourts, en remplacement d’options moins intéressantes pour la santé. Le projet vise également à élaborer des recommandations sur mesure pour des sous-groupes spécifiques d’enfants.

« À la fin du projet, nous aimerions fournir des recommandations à la société, ainsi qu’aux décideurs politiques qui ont la possibilité d’intervenir dans le domaine de la santé publique ».

Les chercheurs qui travaillent sur le vieillissement en bonne santé insistent souvent sur le fait que celui-ci ne commence pas à 60 ans mais bien plus tôt. L’ambition du French Gut Kids est d’identifier les parcours de santé dès le plus jeune âge et, idéalement, d’intervenir lorsque ces parcours laissent présager de moins bons résultats. Selon M. Veiga, la possibilité de détecter et de corriger ces