Le terme métagénome recouvre l’ensemble des gènes microbiens relevés dans un environnement ou écosystème donné. La métagénomique est la méthode utilisée pour l’analyse de ce métagénome. Elle reflète la capacité potentielle d’un écosystème spécifique, les actions que ses gènes peuvent réaliser. Elle identifie en outre quels sont les microorganismes présents.