À l’occasion de cette Journée mondiale du microbiome, nous explorons la perspective One Health (Une seule santé), qui considère que la santé humaine, animale et environnementale ne sont pas des enjeux distincts, mais les manifestations d’un même système interconnecté.

 

Qu’est-ce que l’approche One Health et quel est son lien avec la santé intestinale ?

L’approche One Health repose sur le constat que la santé humaine, animale et celle des écosystèmes sont étroitement liées et interdépendantes1. Bien que nous ayons souvent tendance à nous considérer comme des individus, la science montre aujourd’hui que nous sommes des « holobiontes »2, c’est-à-dire des ensembles complexes composés de cellules humaines et de milliers de milliards de microbes intimement liés les uns aux autres et engagés dans un processus de coévolution. Les bactéries, les champignons, les virus et les archées ne sont pas de simples passagers. Ils sont des acteurs à part entière de notre santé et influencent aussi bien la digestion et l’immunité que l’humeur et le métabolisme.

Ces micro-organismes nous relient également au monde qui nous entoure, car ils constituent un dénominateur commun à toutes les formes de vie sur Terre. Des sous-ensembles de communautés microbiennes circulent en permanence entre les différents environnements que nous partageons. Ils passent du sol et de l’eau aux plantes et aux animaux, puis à notre organisme, avant de retourner dans l’environnement. En agissant comme les ingénieurs invisibles de la planète3, ces microbes font le lien entre les différentes dimensions de la santé de la biosphère.

 

Le microbiome intestinal est façonné par le monde dans lequel nous vivons

Notre microbiote intestinal est loin d’être un système fermé. Au contraire, il interagit en permanence avec la diversité microbienne qui nous entoure. Les aliments que nous consommons, les lieux dans lesquels nous vivons et les animaux avec lesquels nous cohabitons laissent tous une empreinte microbienne.

Prenons l’exemple du sol. Les recherches montrent que des sols sains et diversifiés3 transfèrent des bactéries bénéfiques aux plantes que nous mangeons, contribuant ainsi à la richesse microbienne de notre alimentation.

Les interactions avec les animaux de compagnie et les autres animaux domestiques6 jouent également un rôle important. Vivre avec des animaux est associé à une plus grande diversité du microbiome cutané et intestinal, un effet probablement dû aux échanges de microbes par le contact, les espaces partagés et les environnements extérieurs. De plus, passer du temps dans des environnements riches en biodiversité expose notre organisme à une plus grande diversité de microbes issus de l’environnement, d’une manière que les environnements urbains et les espaces intérieurs ne peuvent tout simplement pas reproduire.

Comme l’a souligné la chercheuse spécialisée dans le microbiome Mireia Vallès-Colomer, nos microbiomes sont continuellement façonnés et partagés au sein de nos réseaux de relations, depuis les microbes que nous héritons de nos mères et de nos familles jusqu’à ceux que nous échangeons avec nos amis et nos animaux de compagnie. Autrement dit, notre identité microbienne est à la fois sociale et écologique.

 

Pourquoi un même régime alimentaire n’a pas les mêmes effets chez tout le monde

L’un des enseignements les plus fascinants de l’approche One Health est que notre composition microbienne unique détermine la manière dont nous métabolisons ce que nous mangeons. Un même aliment peut avoir des effets très différents selon la personne qui le consomme, non seulement en raison de la génétique, mais aussi de la communauté microbienne présente dans l’intestin.

Les recherches montrent7 que les bactéries intestinales peuvent transformer certains composés en molécules bénéfiques tout en détoxifiant d’autres substances. Par exemple, lorsque nous consommons certains nutriments d’origine végétale, seules les personnes qui hébergent certaines espèces bactériennes spécifiques sont capables de transformer ces composés en agents protecteurs naturels capables d’inhiber la croissance d’agents pathogènes nocifs tels que l’E. coli. Autrement dit, les bénéfices qu’un aliment donné peut procurer à l’organisme, comme le renforcement des défenses naturelles, dépendent entièrement du fait que notre communauté microbienne possède ou non les outils nécessaires pour remplir cette fonction.

Cela explique pourquoi un même régime alimentaire peut avoir des effets différents sur la santé d’une personne à l’autre, car ces effets peuvent dépendre de la communauté microbienne propre à chacun.

 

Les microbes peuvent-ils nous aider à relever les défis mondiaux ?

La perspective One Health va bien au-delà d’une nouvelle façon d’envisager la santé intestinale individuelle. Elle met également en lumière le rôle que jouent les microbes dans la réponse à certains des plus grands défis planétaires3.

En matière de climat, les microbes sont des acteurs de premier plan : ils régulent les échanges de gaz à effet de serre dans le pergélisol, les zones humides et les océans. Des additifs microbiens4 innovants destinés à l’alimentation du bétail⁴ pourraient même réduire les émissions de méthane tout en améliorant la digestion et la santé animale.

En ce qui concerne la résistance aux antimicrobiens, l’une des menaces les plus graves5 pour la santé mondiale, le maintien de microbiomes environnementaux sains peut aider à limiter naturellement la prolifération d’agents pathogènes dangereux2, et ainsi réduire la pression de sélection à l’origine des résistances.

Dans le domaine agricole, l’exploitation des microbiomes naturels des sols et des cultures peut réduire le recours aux engrais chimiques et renforcer la résilience4 ainsi que la durabilité des systèmes alimentaires.

À travers tous ces défis, une constante se dégage : lorsque les écosystèmes microbiens sont en bonne santé, les systèmes plus larges tendent eux aussi à être en meilleure santé.

 

De petites actions, de grands enjeux

Comprendre la santé intestinale à travers le prisme de l’approche One Health ne suppose pas de transformer radicalement nos habitudes de vie. En revanche, cela nous invite à changer de perspective : voir notre intestin non pas comme un système isolé qu’il faudrait optimiser, mais comme une interface vivante entre notre organisme et le monde qui nous entoure.

Certaines des mesures les plus efficaces sont aussi parmi les plus accessibles. Si nous souhaitons favoriser l’équilibre de notre intestin, nous pouvons commencer par diversifier notre alimentation. La consommation d’aliments variés et de produits fermentés contribue à enrichir notre intestin en espèces bénéfiques. Rester en contact avec la nature6 est également bénéfique. Passer du temps à l’extérieur et vivre avec des animaux de compagnie favorise l’exposition de notre peau et de notre intestin à des microbes environnementaux bénéfiques.

Enfin, soutenir des pratiques durables2 et privilégier des aliments issus de systèmes agricoles reposant sur des sols sains contribue à préserver les cycles microbiens qui participent à la stabilité de l’ensemble de la planète. En cette Journée mondiale du microbiome, rappelons-nous qu’en protégeant les microbes de notre environnement, nous protégeons en fin de compte notre propre santé.

 

Références

  1. Häsler B, Tvarijonaviciute A, Savić S, eds. Principles of One Health for a Better Planet. CAB International; 2025.
  2. Van Bruggen AHC, Goss EM, Havelaar A, et al. One Health – Cycling of diverse microbial communities as a connecting force for soil, plant, animal, human and ecosystem health. Sci Total Environ. 2019;664:927-937. doi:10.1016/j.scitotenv.2019.02.091
  3. Rocke E, Knight R, Ghisleni G, et al. Microbiomes for a stable planet: embedding microbial processes in global climate action. Green Carbon. 2026;1(1):[insert pages]. doi:10.1016/j.greenca.2026.01.001
  4. Proctor LM, Dore J, Maguin E, et al. Integrating microbiomes into One Health: insights from the 2025 One Health World Microbiome Partnership Summit. Lancet Microbe. 2026;7:101319. doi:10.1016/j.lanmic.2025.101319
  5. Aslam B, Khurshid M, Arshad MI, et al. Antibiotic resistance: One Health One World outlook. Front Cell Infect Microbiol. 2021;11:771510. doi:10.3389/fmicb.2021.771510
  6. Trinh P, Zaneveld JR, Safranek S, Rabinowitz PM. One Health relationships between human, animal, and environmental microbiomes: a mini-review. Front Public Health. 2018;6:235. doi:10.3389/fpubh.2018.00235
  7. Culp EJ, Nelson NT, Verdegaal AA, et al. Microbial transformation of dietary xenobiotics shapes gut microbiome composition. Cell. 2024;187(22):6327-6345. doi:10.1016/j.cell.2024.08.038