Chez le nourrisson, la formation d’un intestin sain est favorisée par les bactéries présentes dans le lait maternel

Illustration fournie par Pamela Ferretti

Lorsque nous voyons une mère allaiter son nouveau-né, la première chose qui nous vient à l’esprit est le lien affectif, l’alimentation, une meilleure protection immunitaire, voire le confort et la commodité. Mais, en réalité, cette relation mère-bébé va bien au-delà. Le lait maternel contient des microbes bénéfiques qui contribuent à façonner le microbiome intestinal du nourrisson au cours des premiers mois de la vie. La recherche a déjà montré que cette communauté de microorganismes agit comme un bouclier protecteur contre les maladies chroniques, telles que l’asthme, les allergies et l’obésité.

Toutefois, la formule biologique à l’origine des nombreux bienfaits du lait maternel échappait jusqu’à présent aux chercheurs. Une équipe de l’université de Chicago a publié dans Nature Communications une nouvelle étude qui dresse le portrait le plus détaillé à ce jour de la façon dont les différentes combinaisons de bactéries présentes dans le lait maternel contribuent au développement du microbiote intestinal du nourrisson.

« Le lait maternel est la seule source d’alimentation recommandée lors des premiers mois de vie d’un nourrisson. Cependant, les difficultés à analyser le microbiome du lait étant impressionnantes, des questions essentielles restaient sans réponse », explique la première auteure Pamela Ferretti, PhD, chercheuse postdoctorale au laboratoire Blekhman de l’université de Chicago.

Ferretti s’intéresse depuis longtemps à la dynamique de transmission microbienne entre les individus. Dans des recherches antérieures, elle a étudié entre autres comment différentes régions du corps maternel – telles que la bouche, la peau et la cavité vaginale – contribuaient au microbiome du nourrisson. Néanmoins, la question du lait maternel n’avait pas été examinée.

« Il nous semblait bien que l’allaitement maternel transmettait des microbes au nourrisson. Mais l’étude du lait est particulièrement difficile, car celui-ci contient beaucoup de matières grasses et un faible pourcentage de cellules microbiennes. Techniquement, il est très complexe d’extraire du matériel génomique pour identifier les souches, alors que celles-ci sont essentielles pour identifier la transmission verticale », a expliqué Ferretti à GMFH.

Des données extrêmement détaillées

Dans cette nouvelle étude, les chercheurs ont suivi près de 200 mères et leurs nourrissons au cours des premiers mois post-partum. Ils ont prélevé des échantillons de lait un mois et trois mois après l’accouchement, ainsi que des échantillons de selles des bébés à l’âge de 1 mois, puis de 6 mois.

À l’aide d’outils génétiques avancés (métagénomique), ils ont observé que le lait maternel contenait un mélange distinct d’espèces bactériennes. Le groupe principal était celui du genre bifidobactéries, qui comprend notamment Bifidobacterium longum, B. breve et B. bifidum, des noms qui vous sont peut-être familiers puisqu’il s’agit de bactéries bénéfiques extrêmement connues. On les retrouve même dans les laits fermentés commercialisés.

« Même si la forte prévalence de B. longum dans l’intestin des nourrissons est bien documentée, il était surprenant de trouver une signature aussi forte de cette espèce dans les échantillons de lait maternel, car les études précédentes sur le lait faisaient principalement état d’autres taxons bactériens tels que Staphylococcus et Streptococcus », a déclaré Ferretti. « Nous pensons que ces résultats vont donner lieu à une réévaluation dans le domaine. »

Les chercheurs ont également identifié 12 cas dans lesquels la même souche bactérienne apparaissait à la fois dans le lait maternel et dans les selles du nourrisson, ce qui apporte une preuve solide de la transmission verticale par l’allaitement. Certaines de ces souches communes appartiennent à des espèces couramment utilisées comme probiotiques, comme B. longum et B. bifidum, celles-ci aidant à digérer les sucres du lait et favorisant un développement intestinal équilibré.

Bien que tous les participants à l’étude aient été en bonne santé, Ferretti et ses collègues ont eu la surprise de découvrir des bactéries à potentiel pathogène, telles que E. coli et K. pneumoniae.

« La transmission est en quelque sorte un ensemble qui comprend aussi bien des bactéries bénéfiques que d’autres moins bénéfiques », résume Ferretti. Autrement dit, ces espèces potentiellement pathogènes peuvent vivre sans danger chez les individus en bonne santé et ne provoquer d’infection que dans certaines conditions.

Les chercheurs ont également détecté des microbes buccaux, tels que Streptococcus salivarius, chez le bébé. Les bactéries présentes dans la bouche du nourrisson pourraient donc pénétrer dans le lait maternel pendant la tétée.

Dans un avenir proche, Ferretti et ses collègues souhaitent que, outre l’étude des environnements sains, leurs travaux se penchent sur l’étude des situations inflammatoires telles que la mastite subclinique. Avant que cette affection douloureuse ne soit diagnostiquée et traitée par antibiotiques, les mères peuvent transmettre des signatures pro-inflammatoires à leurs nourrissons à travers l’allaitement.

Ferretti souhaite également étudier ce qui se passe pendant l’enfance afin d’évaluer si les facteurs liés au lait maternel et aux premières années de la vie peuvent augurer de l’état de santé plus tard dans la vie.

Références :

Ferretti, P., Allert, M., Johnson, K.E. et al. Assembly of the infant gut microbiome and resistome are linked to bacterial strains in mother’s milk. Nat Commun 16, 11536 (2025). https://www.nature.com/articles/s41467-025-66497-y