Ce que les bifidobactéries nous révèlent sur la santé intestinale et comment l’alimentation peut faire la différence

Le contenu éducatif de cet article, élaboré en collaboration avec Danone Research & Innovation, a été développé et approuvé de manière indépendante par l’équipe de publication et le comité de rédaction de GMFH.

Ballonnements, digestion irrégulière, sensation de fatigue inhabituelle… Nombreux sont ceux qui présentent ce type de symptômes à un moment de leur vie, sans qu’un diagnostic précis puisse être posé. Les recherches suggèrent que le microbiome intestinal, cette communauté de micro-organismes qui vit dans notre tube digestif, joue un rôle dans nombre de ces troubles du quotidien. Pourtant, il n’est pas si simple de définir ce qu’est réellement un microbiome « sain ».

Les bifidobactéries, un groupe de bactéries, sont de plus en plus étudiées comme un marqueur de la santé intestinale tout au long de la vie. Elles nous accompagnent dès la naissance. Elles figurent parmi les premiers micro-organismes à coloniser notre intestin. Elles contribuent à façonner notre système immunitaire au début de la vie et nous accompagnent ensuite : elles s’adaptent, interagissent avec les autres micro-organismes et, avec l’âge, leur nombre peut diminuer.

Présentes chez la grande majorité d’entre nous dès la naissance, les bifidobactéries sont de plus en plus considérées par les chercheurs comme l’un des marqueurs les plus pertinents de la santé intestinale tout au long de la vie. Les études suggèrent que leur rôle dans le développement précoce du système immunitaire, ainsi que les équilibres qui se mettent en place au cours des 1 000 premiers jours de vie, peuvent avoir des conséquences durables. Mais que deviennent-elles avec l’âge ? Et que pouvons-nous réellement faire pour les préserver ?

Sudarshan Shetty, PhD, Responsable principal de l’équipe Microbiome chez Danone Research & Innovation à Utrecht (Pays-Bas), étudie la manière dont ces micro-organismes évoluent de la naissance à un âge avancé, ce qu’ils nous révèlent sur notre santé et le rôle que peut jouer l’alimentation dans leur maintien. À l’occasion du Gut Microbiota for Health World Summit 2026, l’équipe éditoriale de GMFH l’a rencontré afin d’aborder ces questions.

Existe-t-il un microbiome intestinal « normal » ou « sain » ?

Le microbiome intestinal varie considérablement d’une personne à l’autre. Ce qui est considéré comme sain chez une personne peut être très différent chez une autre, en fonction de son âge, de sa génétique, de son environnement et de son histoire de vie.

Un récent consensus international mené par des chercheurs de l’ISAPP a commencé à établir un cadre définissant ce que signifie la « santé intestinale », mais les connaissances scientifiques continuent d’évoluer.

Les chercheurs s’accordent de plus en plus sur un point : une vision binaire du microbiome — « sain » ou « en mauvaise santé » — ne permet pas d’en saisir toute la complexité. La santé s’inscrit dans un continuum, et certaines perturbations, comme une maladie ou la prise d’antibiotiques, peuvent modifier cet écosystème d’une manière qui n’est pas toujours facile à inverser.

Quels facteurs influencent le microbiome intestinal chez les personnes en bonne santé ?

Même en l’absence de maladie ou d’intervention, le microbiome intestinal est constamment influencé par de nombreux facteurs. Le sexe, l’âge, l’origine ethnique et notre mode de vie laissent leur empreinte sur le microbiome, tout comme des facteurs plus subtils tels que le stress, le sommeil, ainsi que ce que nous mangeons et la façon dont nous mangeons.

D’une certaine manière, notre microbiome porte la trace de notre vie. Il porte l’empreinte des conditions de notre naissance, de ce à quoi nous avons été exposés pendant la petite enfance et des effets cumulés de tout ce que nous avons vécu depuis. C’est pourquoi un microbiome sain ne présente pas nécessairement les mêmes caractéristiques à 30 ans qu’à 70 ans.

Comment savoir si notre microbiome intestinal est en bonne santé ?

La composition compte moins que la fonction. Des personnes peuvent présenter des communautés bactériennes très différentes tout en ayant une santé intestinale tout aussi bonne. Ce qui compte, c’est que ces communautés remplissent correctement leurs fonctions : décomposer les aliments, produire des métabolites essentiels et maintenir l’équilibre du système immunitaire.

Parmi ces métabolites, les acides gras à chaîne courte, en particulier le butyrate, jouent un rôle particulièrement important. Ils fournissent de l’énergie aux cellules qui tapissent le côlon et contribuent à réguler les réponses immunitaires. Lorsque ces fonctions s’altèrent, cela peut favoriser l’inflammation et l’apparition de symptômes intestinaux — ballonnements, fatigue, inconfort — que de nombreuses personnes ressentent sans parvenir à en identifier la cause. L’activation du système immunitaire intestinal apparaît aujourd’hui comme l’un des principaux mécanismes à l’origine des troubles intestinaux chroniques.

Que sont les bifidobactéries et pourquoi sont-elles importantes pour la santé intestinale ?

Les bifidobactéries comptent parmi les premiers micro-organismes à coloniser l’intestin après la naissance et sont prédominantes au début de la vie. À mesure que nous grandissons, elles s’adaptent : elles coopèrent davantage avec les autres micro-organismes et s’intègrent à l’écosystème complexe de l’intestin adulte. Malheureusement, leur abondance tend à diminuer avec l’âge.

L’évolution des bifidobactéries tout au long de la vie est étroitement liée à l’état de santé. Des études ont montré que les personnes qui vieillissent en bonne santé tendent à conserver des niveaux plus élevés de bifidobactéries. Leur diminution progressive avec l’âge, que des événements comme la prise d’antibiotiques peuvent accélérer, explique en partie pourquoi Shetty et d’autres chercheurs les considèrent comme un marqueur pertinent de la santé intestinale, et non comme de simples témoins passifs.

Quels aliments favorisent le développement des bifidobactéries dans l’intestin, en particulier chez les personnes âgées ?

La bonne nouvelle, c’est que les bifidobactéries réagissent à l’alimentation et n’ont pas besoin de changements radicaux pour se développer. Les fibres alimentaires constituent leur principale source d’énergie, mais leur diversité est essentielle : une variété de fibres issues de différents aliments d’origine végétale favorise un éventail plus large de fonctions microbiennes qu’une source unique. Les aliments fermentés ont également un rôle à jouer.

Chez les personnes présentant de faibles niveaux de bifidobactéries — en raison de l’âge, de problèmes de santé ou d’une prise antérieure d’antibiotiques — certains prébiotiques peuvent favoriser leur développement de manière plus ciblée. Il a par exemple été démontré que les galacto-oligosaccharides (GOS) stimulent de manière sélective le développement des bifidobactéries. Comprendre quelles stratégies alimentaires sont efficaces et pour quelles personnes constitue un domaine de recherche particulièrement actif, avec des implications concrètes pour les affections dans lesquelles les perturbations du microbiome intestinal jouent un rôle, notamment certaines formes de syndrome de l’intestin irritable (SII) et les troubles fonctionnels intestinaux.

Dans quelle direction s’oriente la recherche sur le microbiome ?

La prochaine étape est celle de la précision : il ne s’agit pas seulement d’améliorer le microbiome de manière générale, mais de le faire de façon ciblée et personnalisée. Cela implique de comprendre qui a perdu ses bifidobactéries, pourquoi, et comment les restaurer grâce à l’alimentation ou à des stratégies nutritionnelles spécifiques.

Cela implique également d’analyser de vastes ensembles de données et d’utiliser des outils d’apprentissage automatique pour identifier des schémas qu’une étude isolée ne permettrait pas de mettre en évidence. Cette approche repose aussi sur une collaboration entre différentes disciplines, réunissant nutritionnistes, cliniciens, spécialistes des sciences computationnelles et chercheurs de l’industrie. La recherche sur le microbiome progresse rapidement, et les connaissances issues de ces collaborations commencent à se traduire par des conseils pratiques pour les personnes qui souhaitent mieux prendre soin de leur santé intestinale.

Ce qui ressort de cet entretien, c’est l’image d’un microbiome intestinal dynamique, propre à chacun et, surtout, capable de réagir aux changements. Les bifidobactéries constituent un indicateur utile pour suivre l’évolution de la santé intestinale tout au long de la vie, tandis que l’alimentation reste, pour la plupart d’entre nous, le levier le plus accessible pour agir sur le microbiome.