Les aliments fermentés, de la tradition à la modernité

La fermentation alimentaire est une pratique ancestrale. Bien avant l’apparition de la réfrigération, des peuples de différentes cultures utilisaient ce procédé pour conserver les aliments, en rehausser le goût, voire neutraliser les toxines. Parmi les denrées classiques qui font toujours partie intégrante de notre alimentation, citons le pain au levain, la bière, le yogourt, la choucroute et le kéfir. Grâce aux progrès technologiques, il est désormais possible de produire des centaines de types d’aliments fermentés à l’échelle mondiale.

Pour faire simple, la fermentation se produit lorsque des microorganismes tels que des bactéries et des levures transforment les amidons et les sucres contenus dans les aliments en alcool, acide lactique, dioxyde de carbone et autres composés. L’Association scientifique internationale des probiotiques et prébiotiques (ISAPP) définit les aliments fermentés comme « des aliments produits par la croissance microbienne souhaitée et la conversion enzymatique des composants alimentaires ».

 

Au cœur de la fermentation, le rôle véritable des microorganismes

Comprendre le rôle des microorganismes lors de la fermentation permet d’expliquer pourquoi ces aliments ont intéressé les chercheurs. La fermentation varie en fonction des agents impliqués dans le processus, ce qui fait que les produits qui en résultent varient également. Différents microorganismes entraînent des processus distincts qui entraînent divers changements tels que la production d’acides, d’alcools, de gaz et d’autres métabolites. Ainsi, les bactéries lactiques produisent de l’acide lactique, les levures produisent de l’alcool et du dioxyde de carbone, les bactéries acétiques produisent de l’acide acétique et les champignons peuvent libérer de l’ammoniac.

Dans certains cas, ces microorganismes restent vivants lorsque nous les consommons, ainsi en va-t-il de certains laits fermentés. Mais, dans le cas du pain au levain et du vin, ils sont éliminés.

La valeur des denrées fermentées ne réside pas seulement dans l’amélioration des saveurs et des textures. En effet, ces aliments de base peuvent :

  • être une source de microorganismes vivants et actifs bénéfiques ;
  • améliorer la saveur, la texture et la digestibilité des aliments ;
  • augmenter les teneurs en vitamines et en composés bioactifs des aliments ;
  • éliminer ou réduire les substances toxiques ou les anti-nutriments présents dans les aliments crus ;
  • inhiber les agents pathogènes et les microorganismes qui gâtent les aliments ;
  • être bons pour la santé humaine dans la mesure où ils réduisent le risque de certaines maladies aiguës et chroniques.

Les chercheurs étudient activement les bienfaits potentiels pour la santé de certains aliments fermentés. Les microorganismes eux-mêmes, ou les composants qu’ils produisent, peuvent améliorer la digestibilité et l’absorption des nutriments, concurrencer les agents pathogènes, renforcer la barrière intestinale, soutenir le système immunitaire et diminuer l’inflammation intestinale. Les dernières découvertes ont montré que la consommation de six portions d’aliments fermentés par jour – notamment le yaourt, la choucroute, le kéfir, le kombucha et le kimchi – peut améliorer la diversité du microbiome intestinal et réduire l’inflammation dans tout l’organisme, celle-ci étant liée à une série de maladies chroniques.

 

Tous les aliments étiquetés « bon pour l’intestin » ne possèdent pas nécessairement les mêmes caractéristiques

Soulignons néanmoins que, même si les aliments fermentés peuvent contenir des cultures vivantes et actives, cela n’implique pas pour autant qu’ils répondent à la définition d’un probiotique. De plus, les aliments fermentés peuvent également contenir des composés ayant un effet prébiotique et produire des composés postbiotiques. En réalité, un aliment fermenté est une combinaison de nutriments, de microbes bénéfiques, de prébiotiques, de synbiotiques, de postbiotiques et de composés dérivés de microbes. Toutefois, la science actuelle ignore pour l’instant quel composant alimentaire spécifique ou combinaison de composants participe aux bienfaits observés pour la santé.

Voici en quoi ces termes diffèrent :

  • aliments fermentés: ils sont transformés par des microorganismes. Ils peuvent contenir (ou pas) une assez grande quantité de microbes vivants, sources de bienfaits pour la santé ;
  • prébiotiques: fibres et autres composés non digestibles qui servent de « nourriture » aux bactéries intestinales bénéfiques et les aident à se développer et à prospérer (exemples : fructo-oligosaccharides [FOS], galacto-oligosaccharides [GOS], inuline) ;
  • probiotiques: souches spécifiques de microorganismes vivants (bactéries ou levures) qui, lorsqu’elles sont consommées à des doses adéquates, ont des effets bénéfiques avérés sur la santé ;
  • postbiotiques: produits issus de l’activité microbienne, tels que les acides gras à chaîne courte ou les peptides antimicrobiens, qui peuvent avoir des effets positifs y compris en l’absence de microorganismes vivants.

Une idée reçue courante consiste à penser que tous les aliments fermentés sont des probiotiques. Pour vous assurer que les aliments fermentés que vous achetez contiennent des probiotiques, lisez l’emballage en quête de mentions telles que « contient des probiotiques » ou « contient des cultures vivantes », sinon recherchez les souches probiotiques sur l’étiquette. De plus, si un aliment fermenté est conservé dans le réfrigérateur d’un magasin d’alimentation, cela indique qu’il contient une source de microbes vivants bénéfiques.

Il est également important d’insister sur le fait que les aliments fermentés ne sont pas forcément bons pour la santé de tout le monde. Par exemple, le kombucha est considéré comme une boisson alcoolisée. En raison d’effets secondaires possibles, sa consommation est contre-indiquée chez les femmes enceintes, les nourrissons, les enfants de moins de 4 ans, les patients souffrant d’insuffisance rénale et les patients atteints du VIH.

 

Le prochain objectif de la recherche

Les aliments fermentés ont le vent en poupe, car ils allient tradition et avancées scientifiques. Nous avons beau devoir clarifier de nombreux mécanismes tels que la biodisponibilité des nutriments, le rôle des composés bioactifs et la production de vitamines, des résultats récents confirment leur potentiel en tant qu’alliés pour la nutrition et la santé, ce dont nos ancêtres se doutaient bien.

Par ailleurs, les produits contenant des microorganismes doivent faire l’objet d’une sécurité toute particulière, notamment lorsqu’ils sont préparés à domicile. Par exemple, des températures élevées et des mains ou des ustensiles mal nettoyés pour préparer le mélange alimentaire fermenté favorisent la prolifération de bactéries nocives qui peuvent entraîner des maladies d’origine alimentaire. C’est pourquoi il est essentiel que les progrès scientifiques s’accompagnent d’une réglementation garantissant un étiquetage clair et de bonnes pratiques de conservation afin de protéger la santé des consommateurs.

 

Références :

Caffrey EB, Perelman D, Ward CP, Sonnenburg ED, Gardner CD, Sonnenburg JL. Unpacking Food Fermentation: Clinically Relevant Tools for Fermented Food Identification and Consumption. Adv Nutr. 2025;16(5):100412. doi:10.1016/j.advnut.2025.100412

Caffrey EB, Sonnenburg JL, Devkota S. Our extended microbiome: The human-relevant metabolites and biology of fermented foods. Cell Metab. 2024;36(4):684-701. doi:10.1016/j.cmet.2024.03.007

Mukherjee A, Breselge S, Dimidi E, Marco ML, Cotter PD. Fermented foods and gastrointestinal health: underlying mechanisms. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2024;21(4):248-266. doi:10.1038/s41575-023-00869-x

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