Ce terme désigne la communauté de microorganismes peuplant le tractus gastro-intestinal des mammifères. La composition de cette communauté microbienne est spécifique à son hôte. Le microbiote intestinal de chaque individu est susceptible de subir des modifications endogènes et exogènes. Il est parfois dénommé flore humaine, microflore ou flore intestinale. Ces termes sont cependant moins utilisés par les scientifiques, car, ils induisent en erreur, en suggérant que nous sommes colonisés par des plantes minuscules, alors que les microorganismes qui composent notre microbiote sont des microbes de différents types.