Este nombre designa a la comunidad de microorganismos que viven a lo largo y ancho del tracto gastrointestinal de los mamíferos. La composición de esta comunidad microbiana es específica de cada huésped. La microbiota intestinal de cada individuo puede sufrir alteraciones, tanto endógenas como exógenas. A veces se la denomina flora humana, microflora o flora intestinal. Sin embargo, en el seno de la comunidad científica estos términos son poco empleados, ya que conducen a la idea errónea de que estamos colonizados por pequeñas plantas, cuando en realidad los microorganismos que componen nuestra microbiota son microbios de diferentes tipos.