Ressources – Glossaire

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  • Agent pathogène

    Un agent pathogène est un agent infectieux qui peut provoquer une maladie chez son hôte. Ce terme est généralement utilisé pour désigner les microorganismes associés aux maladies, tels que les virus, bactéries et champignons, parmi d’autres. Ces agents peuvent perturber la physiologie normale des plantes ou des animaux et des hommes.

  • Antibiotique

    Également dénommé antibactérien, il s’agit de molécules qui bloquent la croissance de certaines bactéries, et qui sont fréquemment administrées comme traitement contre les infections bactériennes et certains parasites. Les antibiotiques sont inefficaces contre les virus tels que ceux responsables de rhumes ou de la grippe

  • Anticorps

    Un anticorps, aussi dénommé immunoglobuline, est une protéine produite par le système immunitaire en réponse à la détection de la présence d’une substance perçue comme étrangère à l’organisme. Cette substance, dénommée antigène, peut être une bactérie, un virus, un parasite ou encore certaines molécules telles que des protéines. Les anticorps reconnaissent les antigènes et se fixent à eux dans le but de les éliminer du corps humain. À chaque anticorps correspond un antigène.

  • Antigène

    Toute substance étrangère à l’organisme capable de déclencher la synthèse d’anticorps avec lesquels elle se combine.

  • Bactéries

    Les bactéries sont un groupe de microorganismes procaryotes (des cellules sans noyaux, par opposition aux cellules eucaryotes qui en sont pourvues et qui sont celles qui forment le corps humain) qui font partie des premières formes de vie apparues sur terre. Elles sont présentes dans la plupart des habitats de la planète et cohabitent avec les plantes et, les animaux et les hommes, avec lesquels elles entretiennent des relations symbiotiques (à bénéfice mutuel), de commensalisme (mangeant dans le même milieu) ou parasitaires (en vivant sur ou dans un autre organisme et en tirant profit). Beaucoup considèrent les bactéries comme pathogènes. Bien que certaines d’entre elles le soient, la plupart sont bénéfiques et nécessaires au maintien d’une bonne santé.

    Les bactéries sont de 10 à 50 fois plus petites que les cellules humaines. Le corps humain héberge cent-mille milliards de microorganismes, parmi lesquels au moins 1 000 espèces connues de bactéries comptant plus de trois millions de gènes, soit 150 fois plus que de gènes humains. De grandes communautés bactériennes sont logées sur notre peau, dans nos cavités. La communauté la plus importante se trouve dans nos intestins, c’est le microbiote intestinal.

  • Ballonnement

    Le ballonnement abdominal se manifeste par un gonflement,  qui donne une impression de plénitude, et une distension de l’abdomen. Plus commune chez les femmes, cette affection peut causer des maux de ventre plus ou moins intenses. Ce ballonnement peut être causé par un excès de gaz, lorsque celui-ci ne peut pas être évacué au moyen de rôts ou de flatulences et demeure donc dans l’estomac et l’intestin ; ou par une réaction excessive à une production normale de gaz, comme dans le cas de l’hypersensibilité de l’intestin. Généralement, les ventres des patients atteints de ballonnement sont plus plats le matin et ont tendance à gonfler progressivement à mesure que la journée avance.

  • Bifidobacterium

    Il s’agit d’une famille bactérienne naturellement présente dans l’intestin des mammifères. Ces bactéries peuvent entrer dans la composition de produits fermentés (tels que les produits laitiers); elles peuvent aussi entrer dans la composition de compléments alimentaires.

  • Clostridium difficile (ou C. difficile)

    Est une espèce bactérienne présente l’intestin de nombreuses personnes, et ce, sans leur porter préjudice. Dans la communauté microbienne des intestins il existe un équilibre entre les « bonnes » bactéries (bénéfiques) et celles qui peuvent être potentiellement dangereuses (pathogènes). Les problèmes commencent quand un déséquilibre se produit, souvent suite à un traitement antibiotique. Si le nombre de C. difficile grandit démesurément, divers symptômes, tels que diarrhée ou inflammation du colon, peuvent commencer à se manifester.

    Les infections par C. difficile touchent généralement des patients ayant récemment subi un traitement antibiotique ou se trouvant à l’hôpital ou dans des unités de soins de longue durée. La transplantation de microbiote fécal est actuellement à l’étude afin d’évaluer son efficacité pour lutter contre ces infections. Par ailleurs, les probiotiques pourraient aider à restaurer un microbiote intestinal efficace pour contrôler une croissance excessive de C. difficile.

  • Colon

    Le colon, également connu sous le nom de gros intestin, constitue la dernière partie du tractus digestif. Il permet d’absorber l’eau et les vitamines essentielles produites par les bactéries intestinales ainsi que la transformation des résidus non digérés des aliments, à l’origine des matières fécales. Moins long que l’intestin grêle, avec un temps de transit supérieur, et un diamètre considérablement plus important, le colon héberge la vaste majorité du microbiote intestinal.

  • Commensale (bactérie)

    Le terme commensalisme désigne un type de relation entre deux organismes différents qui « mangent à la même table ». Dans cette relation, aucune des parties ne tire bénéfice de l’autre, ni ne lui porte préjudice. Il s’agit donc d’une relation neutre. Il existe en outre d’autres types de relations entre organismes, comme le mutualisme, par lequel les deux parties obtiennent des bénéfices, ou le parasitisme, dans lequel une partie profite de l’autre en lui nuisant. Bien que les bactéries « bénéfiques » hébergées dans notre organisme soient souvent définies comme commensales, les recherches dans ce domaine suggèrent que notre relation avec notre microbiote intestinal serait plutôt de nature mutualistique que commensale.

  • Dysbiose

    Également dénommée dysbactériose, cette affection se définit par le déséquilibre en nombre ou du type de colonies microbiennes colonisant l’Homme. Ceci est plus courant dans le tractus digestif, mais pourrait également se produire sur n’importe quelle surface exposée ou membrane muqueuse. La dysbiose intestinale peut avoir une incidence sur la digestion, l’absorption de nutriments, la production de vitamines et le contrôle de la multiplication des microorganismes nocifs. De nombreux facteurs, y compris les changements des habitudes alimentaires ou la prise d’antibiotiques, peuvent influer sur le délicat équilibre microbien et provoquer de ce fait une dysbiose. Pour les scientifiques, cette dysbiose pourrait jouer un rôle dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), la fatigue chronique, l’obésité, voire certains cancers.

  • Écologie microbienne

    Le terme écologie microbienne est employé pour désigner l’étude des microbes et leurs interactions entre elles ou avec leur environnement, les plantes ou les animaux. Bien qu’il s’agisse des créatures les plus petites de la terre, elles ont une influence profonde sur les humains et la planète en général. C’est la raison pour laquelle les scientifiques pensent que l’étude de l’écologie microbienne peut nous mener à trouver de meilleures solutions pour le rétablissement de l’environnement, la production d’aliments et la bio-ingénierie, entre autres.

  • Écosystème bactérien intestinal humain

    Ce terme fait référence aux cent-mille milliards de bactéries hébergées dans le corps humain et l’endroit où elles habitent. Bien qu’elles appartiennent à des espèces différentes et que leur nombre dans notre système digestif varie, elles travaillent en équipe et jouent un rôle essentiel pour la digestion des aliments, le renforcement du système immunitaire, la prévention des infections, et interviendraient même sur notre humeur et notre comportement.

  • Entérotype

    La communauté microbienne hébergée dans notre intestin est une combinaison unique de différents types et quantités de bactéries. Il ne s’agit pas d’un ensemble bactérien permanent, mais plutôt d’un groupe en évolution qui peut être influencé par notre régime alimentaire, des facteurs environnementaux, des traitements médicamenteux, etc. La recherche scientifique dans le cadre du projet européen MetaHit (2008 – 2012) est parvenue à identifier et caractériser trois groupes principaux de microbiotes ou entérotypes.

  • Escherichia coli (ou E. coli)

    Est une espèce bactérienne (famille des Enterobacteriaceae) qui vit habituellement dans l’intestin de l’Homme et des animaux. La plupart d’E. coli sont inoffensives et jouent un rôle déterminant dans le maintien d’un système digestif sain, la digestion des aliments et la production de vitamine K. Cependant, certaines bactéries E. coli sont pathogènes et peuvent provoquer des maladies. Les sérotypes nocifs peuvent être transmis par de l’eau ou de la nourriture contaminée ou par le contact avec des animaux ou des personnes infectées.

  • Fermentation

    La fermentation est un processus chimique par lequel un organisme transforme les sucres et les glucides en acide ou en alcool. Depuis des siècles, les humains utilisent la fermentation pour transformer des matières premières en produits finis assimilables, incluant la préparation de produits alimentaires tels que yaourts, kéfir, fromage, pain, vin ou bière. Et aussi le chocolat.

  • Flore Humaine

    Cf flore intestinale/microbiote intestinal.

  • Flore intestinale

    Ce nom désignait autrefois les communautés bactériennes hébergées dans notre intestin. De nos jours, les chercheurs lui préfèrent le terme microbiote intestinal, car les bactéries n’appartiennent pas au monde végétal. Certains scientifiques emploient l’un ou l’autre terme en fonction des techniques utilisées pour identifier les bactéries. Ils appellent microbiote les bactéries découvertes par le biais des techniques de séquençage et flore intestinale celles obtenues au moyen de techniques de culture, plus anciennes.

  • HMP

    Human Microbiome Project (Projet sur le Microbiome Humain). Projet sur cinq ans, lancé en 2008 par les Instituts Nationaux de Santé des Etats-Unis (NIH – National Institutes of Health), dont le but est d’identifier et séquencer les communautés microbiennes localisées dans les différentes parties du corps humain et de trouver des corrélations entre les changements au sein du microbiome, la santé et les maladies humaines.

  • Inflammation

    Il s’agit d’une réponse biologique du corps humain qui vise à lutter contre une agression. Elle peut se manifester à travers différents symptômes : rougeur, gonflement, sensation de chaleur, douleur ou altération du fonctionnement de l’organe touché. Tandis que les infections sont provoquées par une bactérie, virus ou champignon, l’inflammation est un élément de notre immunité innée et elle n’implique pas forcément une infection.

  • Lactobacilles

    Les lactobacilles sont des bactéries de forme allongée qui sont généralement présentes dans nos cavités : buccale, digestive et génitale. Ils sont également présents dans certains aliments fermentés tels que les yaourts. Ils doivent leur nom à leur capacité de transformer le lactose et autres sucres en acide lactique. Les lactobacilles sont très efficaces pour le traitement et la prévention de la diarrhée, y compris certains types infectieux comme la diarrhée à rotavirus chez les enfants et la diarrhée du voyageur.

  • Maladie auto-immune

    Maladie auto-immune est le nom donné à différentes affections qui se déclenchent lorsque le système immunitaire confond les tissus sains de l’organisme avec des antigènes ou des éléments étrangers et les attaque pour les détruire. La cause exacte de l’apparition de ces maladies demeure inconnue à ce jour. Il existe près de 80 types différents de maladies auto-immunes, dont la sévérité varie en fonction des organes attaqués. Certaines réactions auto-immunes sont considérées comme inhérentes aux mécanismes de maladies telles que le diabète ou le syndrome de l’intestin irritable (SII).

  • Maladie de Crohn

    Il s’agit d’un type de maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI) qui peut atteindre n’importe quelle partie du système digestif, de la bouche jusqu’au rectum, bien que normalement elle s’attaque à la dernière section de l’intestin grêle — l’iléon — ou du gros intestin — le colon. Les symptômes les plus fréquents incluent diarrhée, douleur abdominale, et une fatigue extrême ; parfois accompagnés de sang dans les selles et perte de poids.

    Ces troubles commencent souvent progressivement et s’aggravent avec le temps. Les patients atteints de la maladie de Crohn passent souvent par de longues périodes de rémission, pendant lesquelles les symptômes s’estompent ou disparaissent. Ces phases peuvent être suivies de périodes de poussée, beaucoup plus agitées. L’origine exacte de cette maladie est inconnue à ce jour. Les chercheurs pointent cependant du doigt certains facteurs tels que la génétique, une anomalie du système immunitaire qui le pousserait à attaquer à tort des bactéries saines dans l’intestin, le tabagisme ou des facteurs environnementaux (curieusement, la maladie est plus commune dans les pays occidentaux que dans ceux en voie de développement).

  • Métagénome / Métagénomique

    Le terme métagénome recouvre l’ensemble des gènes microbiens relevés dans un environnement ou écosystème donné. La métagénomique est la méthode utilisée pour l’analyse de ce métagénome. Elle reflète la capacité potentielle d’un écosystème spécifique, les actions que ses gènes peuvent réaliser. Elle identifie en outre quels sont les microorganismes présents.

  • MetaHIT

    Projet financé par la Commission européenne (entre 2008 et 2012) dans son septième programme-cadre. Son objectif principal était d’établir des corrélations entre les gènes du microbiote intestinal humain et l’état de santé (ou de maladie) de l’hôte qui héberge ce microbiote. Pour ce faire, les chercheurs se sont focalisés sur deux troubles de plus en plus fréquents en Europe : les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et l’obésité.

  • MICI

    Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (ou MICI) regroupent la maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique. Elles se caractérisent toutes les deux par une inflammation excessive de la paroi d’une partie du tube digestif.

  • Microbiome

    Les chercheurs utilisent généralement le terme microbiome humain lorsqu’ils veulent parler de l’ensemble des gènes présents dans toutes les cellules microbiennes hébergées par l’Homme. Ce terme est souvent confondu avec le microbiote, mot employé pour définir les quelque cent-mille milliards de microorganismes qui colonisent le corps humain.

  • Microbiote

    Nom attribué à la communauté de microorganismes qui peuplent la surface ou l’intérieur de différentes cavités de l’organisme : la peau, la bouche, les oreilles, le vagin ou le tractus gastro-intestinal, entre autres. (Cf microbiote intestinal)

  • Microbiote intestinal

    Ce terme désigne la communauté de microorganismes peuplant le tractus gastro-intestinal des mammifères. La composition de cette communauté microbienne est spécifique à son hôte. Le microbiote intestinal de chaque individu est susceptible de subir des modifications endogènes et exogènes. Il est parfois dénommé flore humaine, microflore ou flore intestinale. Ces termes sont cependant moins utilisés par les scientifiques, car, ils induisent en erreur, en suggérant que nous sommes colonisés par des plantes minuscules, alors que les microorganismes qui composent notre microbiote sont des microbes de différents types.

  • Microflore intestinale

    Voir microbiote intestinal.

  • Microorganisme

    Souvent employé à tort comme synonyme du mot « microbe », un microorganisme est un organisme unicellulaire ou multicellulaire si minuscule qu’il ne peut être observé à l’œil nu (microscopique). Parmi les types de microorganismes, nous retrouvons parasites, bactéries, archées-bactéries, champignons et virus. Les microorganismes sont la forme de vie la plus ancienne de la planète. L’étude des microorganismes s’appelle la microbiologie.

  • Muqueuse

    La muqueuse est une mince couche de tissu qui tapisse les parois des cavités du corps telles que la bouche, l’utérus, les poumons et les tractus urinaire et digestif. Les glandes qui recouvrent ce tissu sécrètent un fluide visqueux dénommé mucus. La muqueuse constitue également la couche la plus distincte du tractus gastro-intestinal. Il s’agit, structurellement et fonctionnellement, de sa zone la plus complexe et importante, car c’est sur cette surface que les fonctions cruciales de l’absorption s’accomplissent.

  • Obésité

    L’OMS définit le surpoids et l’obésité comme une accumulation anormale ou excessive de graisse induisant un risque pour la santé. Autant le surpoids que l’obésité constituent des facteurs de risque pour un grand nombre de pathologies chroniques telles que le diabète, les maladies cardiovasculaires et le cancer.

  • Prébiotique

    Les prébiotiques sont des composants non digestibles des aliments (tels que certains types de fibres) qui stimulent l’activité ou la croissance de certains groupes spécifiques de bactéries comme les bifidobactéries et les bactéries lactiques. Des études scientifiques démontrent des effets bénéfiques des prébiotiques et des probiotiques sur la santé de l’hôte (fonctions digestives et immunitaires, notamment).

  • Probiotique

    Selon la définition de 2001 de la WHO/FAO, les probiotiques « sont des microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, produisent un bénéfice pour la santé de l’hôte. » Ils sont généralement apportés par des aliments fermentés comme les yaourts. Ils existent aussi sous forme de compléments alimentaires.

  • Symbiose

    Relation qui s’établit entre deux organismes qui ont besoin l’un de l’autre pour vivre. Les bactéries ont une longue histoire de rapports symbiotiques. Elles ont évolué en symbiose avec d’autres microbes et avec leurs hôtes. L’Homme héberge dans son tube digestif cent-mille milliards de bactéries qui y trouvent un écosystème favorable à leur développement. En digérant des composés que l’Homme ne peut digérer, elles produisent de l’énergie et des vitamines dont l’Homme a besoin.

  • Syndrome de l’intestin irritable (SII)

    Le syndrome de l’intestin irritable (SII) est un trouble fonctionnel commun de l’intestin qui atteint 15 % à 20 % de personnes à l’échelle mondiale (avec une prévalence plus élevée chez les femmes). Le syndrome de l’intestin irritable est l’une des premières causes de consultation en gastroentérologie. Les scientifiques pensent qu’à l’origine de cette affection se trouverait un microbiote intestinal déséquilibré.

  • Système immunitaire

    Il s’agit du système de défense du corps face à des organismes infectieux et autres envahisseurs. Il est composé d’un réseau de cellules, tissus et organes spécialisés qui communiquent ensemble et agissent via une cascade de réactions biologiques impliquant notamment des cytokines. Cette réponse immunitaire vise à détruire et éliminer l’agent incriminé pour qu’il ne provoque pas de troubles chez l’Hôte.

  • Transplantation de microbiote fécal

    Cette technique, également connue sous le nom de transplantation fécale ou de selles, consiste à transférer des échantillons de fèces (avec les bactéries et leurs métabolites) d’un individu sain à une personne atteinte de troubles de l’équilibre du microbiote. Bien que cette méthode a prouvé son efficacité chez des patients atteints d’infection résistante à C. difficile, son utilisation n’est pas encore autorisée de façon générale. Les experts travaillent pour étudier davantage cette technique et les avis sont partagés à propos de possibles conséquences défavorables.


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  • Agent pathogène

    Un agent pathogène est un agent infectieux qui peut provoquer une maladie chez son hôte. Ce terme est généralement utilisé pour désigner les microorganismes associés aux maladies, tels que les virus, bactéries et champignons, parmi d’autres. Ces agents peuvent perturber la physiologie normale des plantes ou des animaux et des hommes.

  • Antibiotique

    Également dénommé antibactérien, il s’agit de molécules qui bloquent la croissance de certaines bactéries, et qui sont fréquemment administrées comme traitement contre les infections bactériennes et certains parasites. Les antibiotiques sont inefficaces contre les virus tels que ceux responsables de rhumes ou de la grippe

  • Anticorps

    Un anticorps, aussi dénommé immunoglobuline, est une protéine produite par le système immunitaire en réponse à la détection de la présence d’une substance perçue comme étrangère à l’organisme. Cette substance, dénommée antigène, peut être une bactérie, un virus, un parasite ou encore certaines molécules telles que des protéines. Les anticorps reconnaissent les antigènes et se fixent à eux dans le but de les éliminer du corps humain. À chaque anticorps correspond un antigène.

  • Antigène

    Toute substance étrangère à l’organisme capable de déclencher la synthèse d’anticorps avec lesquels elle se combine.

  • Bactéries

    Les bactéries sont un groupe de microorganismes procaryotes (des cellules sans noyaux, par opposition aux cellules eucaryotes qui en sont pourvues et qui sont celles qui forment le corps humain) qui font partie des premières formes de vie apparues sur terre. Elles sont présentes dans la plupart des habitats de la planète et cohabitent avec les plantes et, les animaux et les hommes, avec lesquels elles entretiennent des relations symbiotiques (à bénéfice mutuel), de commensalisme (mangeant dans le même milieu) ou parasitaires (en vivant sur ou dans un autre organisme et en tirant profit). Beaucoup considèrent les bactéries comme pathogènes. Bien que certaines d’entre elles le soient, la plupart sont bénéfiques et nécessaires au maintien d’une bonne santé.

    Les bactéries sont de 10 à 50 fois plus petites que les cellules humaines. Le corps humain héberge cent-mille milliards de microorganismes, parmi lesquels au moins 1 000 espèces connues de bactéries comptant plus de trois millions de gènes, soit 150 fois plus que de gènes humains. De grandes communautés bactériennes sont logées sur notre peau, dans nos cavités. La communauté la plus importante se trouve dans nos intestins, c’est le microbiote intestinal.

  • Ballonnement

    Le ballonnement abdominal se manifeste par un gonflement,  qui donne une impression de plénitude, et une distension de l’abdomen. Plus commune chez les femmes, cette affection peut causer des maux de ventre plus ou moins intenses. Ce ballonnement peut être causé par un excès de gaz, lorsque celui-ci ne peut pas être évacué au moyen de rôts ou de flatulences et demeure donc dans l’estomac et l’intestin ; ou par une réaction excessive à une production normale de gaz, comme dans le cas de l’hypersensibilité de l’intestin. Généralement, les ventres des patients atteints de ballonnement sont plus plats le matin et ont tendance à gonfler progressivement à mesure que la journée avance.

  • Bifidobacterium

    Il s’agit d’une famille bactérienne naturellement présente dans l’intestin des mammifères. Ces bactéries peuvent entrer dans la composition de produits fermentés (tels que les produits laitiers); elles peuvent aussi entrer dans la composition de compléments alimentaires.

  • Clostridium difficile (ou C. difficile)

    Est une espèce bactérienne présente l’intestin de nombreuses personnes, et ce, sans leur porter préjudice. Dans la communauté microbienne des intestins il existe un équilibre entre les « bonnes » bactéries (bénéfiques) et celles qui peuvent être potentiellement dangereuses (pathogènes). Les problèmes commencent quand un déséquilibre se produit, souvent suite à un traitement antibiotique. Si le nombre de C. difficile grandit démesurément, divers symptômes, tels que diarrhée ou inflammation du colon, peuvent commencer à se manifester.

    Les infections par C. difficile touchent généralement des patients ayant récemment subi un traitement antibiotique ou se trouvant à l’hôpital ou dans des unités de soins de longue durée. La transplantation de microbiote fécal est actuellement à l’étude afin d’évaluer son efficacité pour lutter contre ces infections. Par ailleurs, les probiotiques pourraient aider à restaurer un microbiote intestinal efficace pour contrôler une croissance excessive de C. difficile.

  • Colon

    Le colon, également connu sous le nom de gros intestin, constitue la dernière partie du tractus digestif. Il permet d’absorber l’eau et les vitamines essentielles produites par les bactéries intestinales ainsi que la transformation des résidus non digérés des aliments, à l’origine des matières fécales. Moins long que l’intestin grêle, avec un temps de transit supérieur, et un diamètre considérablement plus important, le colon héberge la vaste majorité du microbiote intestinal.

  • Commensale (bactérie)

    Le terme commensalisme désigne un type de relation entre deux organismes différents qui « mangent à la même table ». Dans cette relation, aucune des parties ne tire bénéfice de l’autre, ni ne lui porte préjudice. Il s’agit donc d’une relation neutre. Il existe en outre d’autres types de relations entre organismes, comme le mutualisme, par lequel les deux parties obtiennent des bénéfices, ou le parasitisme, dans lequel une partie profite de l’autre en lui nuisant. Bien que les bactéries « bénéfiques » hébergées dans notre organisme soient souvent définies comme commensales, les recherches dans ce domaine suggèrent que notre relation avec notre microbiote intestinal serait plutôt de nature mutualistique que commensale.

  • Dysbiose

    Également dénommée dysbactériose, cette affection se définit par le déséquilibre en nombre ou du type de colonies microbiennes colonisant l’Homme. Ceci est plus courant dans le tractus digestif, mais pourrait également se produire sur n’importe quelle surface exposée ou membrane muqueuse. La dysbiose intestinale peut avoir une incidence sur la digestion, l’absorption de nutriments, la production de vitamines et le contrôle de la multiplication des microorganismes nocifs. De nombreux facteurs, y compris les changements des habitudes alimentaires ou la prise d’antibiotiques, peuvent influer sur le délicat équilibre microbien et provoquer de ce fait une dysbiose. Pour les scientifiques, cette dysbiose pourrait jouer un rôle dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), la fatigue chronique, l’obésité, voire certains cancers.

  • Écologie microbienne

    Le terme écologie microbienne est employé pour désigner l’étude des microbes et leurs interactions entre elles ou avec leur environnement, les plantes ou les animaux. Bien qu’il s’agisse des créatures les plus petites de la terre, elles ont une influence profonde sur les humains et la planète en général. C’est la raison pour laquelle les scientifiques pensent que l’étude de l’écologie microbienne peut nous mener à trouver de meilleures solutions pour le rétablissement de l’environnement, la production d’aliments et la bio-ingénierie, entre autres.

  • Écosystème bactérien intestinal humain

    Ce terme fait référence aux cent-mille milliards de bactéries hébergées dans le corps humain et l’endroit où elles habitent. Bien qu’elles appartiennent à des espèces différentes et que leur nombre dans notre système digestif varie, elles travaillent en équipe et jouent un rôle essentiel pour la digestion des aliments, le renforcement du système immunitaire, la prévention des infections, et interviendraient même sur notre humeur et notre comportement.

  • Entérotype

    La communauté microbienne hébergée dans notre intestin est une combinaison unique de différents types et quantités de bactéries. Il ne s’agit pas d’un ensemble bactérien permanent, mais plutôt d’un groupe en évolution qui peut être influencé par notre régime alimentaire, des facteurs environnementaux, des traitements médicamenteux, etc. La recherche scientifique dans le cadre du projet européen MetaHit (2008 – 2012) est parvenue à identifier et caractériser trois groupes principaux de microbiotes ou entérotypes.

  • Escherichia coli (ou E. coli)

    Est une espèce bactérienne (famille des Enterobacteriaceae) qui vit habituellement dans l’intestin de l’Homme et des animaux. La plupart d’E. coli sont inoffensives et jouent un rôle déterminant dans le maintien d’un système digestif sain, la digestion des aliments et la production de vitamine K. Cependant, certaines bactéries E. coli sont pathogènes et peuvent provoquer des maladies. Les sérotypes nocifs peuvent être transmis par de l’eau ou de la nourriture contaminée ou par le contact avec des animaux ou des personnes infectées.

  • Fermentation

    La fermentation est un processus chimique par lequel un organisme transforme les sucres et les glucides en acide ou en alcool. Depuis des siècles, les humains utilisent la fermentation pour transformer des matières premières en produits finis assimilables, incluant la préparation de produits alimentaires tels que yaourts, kéfir, fromage, pain, vin ou bière. Et aussi le chocolat.

  • Flore Humaine

    Cf flore intestinale/microbiote intestinal.

  • Flore intestinale

    Ce nom désignait autrefois les communautés bactériennes hébergées dans notre intestin. De nos jours, les chercheurs lui préfèrent le terme microbiote intestinal, car les bactéries n’appartiennent pas au monde végétal. Certains scientifiques emploient l’un ou l’autre terme en fonction des techniques utilisées pour identifier les bactéries. Ils appellent microbiote les bactéries découvertes par le biais des techniques de séquençage et flore intestinale celles obtenues au moyen de techniques de culture, plus anciennes.

  • HMP

    Human Microbiome Project (Projet sur le Microbiome Humain). Projet sur cinq ans, lancé en 2008 par les Instituts Nationaux de Santé des Etats-Unis (NIH – National Institutes of Health), dont le but est d’identifier et séquencer les communautés microbiennes localisées dans les différentes parties du corps humain et de trouver des corrélations entre les changements au sein du microbiome, la santé et les maladies humaines.

  • Inflammation

    Il s’agit d’une réponse biologique du corps humain qui vise à lutter contre une agression. Elle peut se manifester à travers différents symptômes : rougeur, gonflement, sensation de chaleur, douleur ou altération du fonctionnement de l’organe touché. Tandis que les infections sont provoquées par une bactérie, virus ou champignon, l’inflammation est un élément de notre immunité innée et elle n’implique pas forcément une infection.

  • Lactobacilles

    Les lactobacilles sont des bactéries de forme allongée qui sont généralement présentes dans nos cavités : buccale, digestive et génitale. Ils sont également présents dans certains aliments fermentés tels que les yaourts. Ils doivent leur nom à leur capacité de transformer le lactose et autres sucres en acide lactique. Les lactobacilles sont très efficaces pour le traitement et la prévention de la diarrhée, y compris certains types infectieux comme la diarrhée à rotavirus chez les enfants et la diarrhée du voyageur.

  • Maladie auto-immune

    Maladie auto-immune est le nom donné à différentes affections qui se déclenchent lorsque le système immunitaire confond les tissus sains de l’organisme avec des antigènes ou des éléments étrangers et les attaque pour les détruire. La cause exacte de l’apparition de ces maladies demeure inconnue à ce jour. Il existe près de 80 types différents de maladies auto-immunes, dont la sévérité varie en fonction des organes attaqués. Certaines réactions auto-immunes sont considérées comme inhérentes aux mécanismes de maladies telles que le diabète ou le syndrome de l’intestin irritable (SII).

  • Maladie de Crohn

    Il s’agit d’un type de maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI) qui peut atteindre n’importe quelle partie du système digestif, de la bouche jusqu’au rectum, bien que normalement elle s’attaque à la dernière section de l’intestin grêle — l’iléon — ou du gros intestin — le colon. Les symptômes les plus fréquents incluent diarrhée, douleur abdominale, et une fatigue extrême ; parfois accompagnés de sang dans les selles et perte de poids.

    Ces troubles commencent souvent progressivement et s’aggravent avec le temps. Les patients atteints de la maladie de Crohn passent souvent par de longues périodes de rémission, pendant lesquelles les symptômes s’estompent ou disparaissent. Ces phases peuvent être suivies de périodes de poussée, beaucoup plus agitées. L’origine exacte de cette maladie est inconnue à ce jour. Les chercheurs pointent cependant du doigt certains facteurs tels que la génétique, une anomalie du système immunitaire qui le pousserait à attaquer à tort des bactéries saines dans l’intestin, le tabagisme ou des facteurs environnementaux (curieusement, la maladie est plus commune dans les pays occidentaux que dans ceux en voie de développement).

  • Métagénome / Métagénomique

    Le terme métagénome recouvre l’ensemble des gènes microbiens relevés dans un environnement ou écosystème donné. La métagénomique est la méthode utilisée pour l’analyse de ce métagénome. Elle reflète la capacité potentielle d’un écosystème spécifique, les actions que ses gènes peuvent réaliser. Elle identifie en outre quels sont les microorganismes présents.

  • MetaHIT

    Projet financé par la Commission européenne (entre 2008 et 2012) dans son septième programme-cadre. Son objectif principal était d’établir des corrélations entre les gènes du microbiote intestinal humain et l’état de santé (ou de maladie) de l’hôte qui héberge ce microbiote. Pour ce faire, les chercheurs se sont focalisés sur deux troubles de plus en plus fréquents en Europe : les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et l’obésité.

  • MICI

    Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (ou MICI) regroupent la maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique. Elles se caractérisent toutes les deux par une inflammation excessive de la paroi d’une partie du tube digestif.

  • Microbiome

    Les chercheurs utilisent généralement le terme microbiome humain lorsqu’ils veulent parler de l’ensemble des gènes présents dans toutes les cellules microbiennes hébergées par l’Homme. Ce terme est souvent confondu avec le microbiote, mot employé pour définir les quelque cent-mille milliards de microorganismes qui colonisent le corps humain.

  • Microbiote

    Nom attribué à la communauté de microorganismes qui peuplent la surface ou l’intérieur de différentes cavités de l’organisme : la peau, la bouche, les oreilles, le vagin ou le tractus gastro-intestinal, entre autres. (Cf microbiote intestinal)

  • Microbiote intestinal

    Ce terme désigne la communauté de microorganismes peuplant le tractus gastro-intestinal des mammifères. La composition de cette communauté microbienne est spécifique à son hôte. Le microbiote intestinal de chaque individu est susceptible de subir des modifications endogènes et exogènes. Il est parfois dénommé flore humaine, microflore ou flore intestinale. Ces termes sont cependant moins utilisés par les scientifiques, car, ils induisent en erreur, en suggérant que nous sommes colonisés par des plantes minuscules, alors que les microorganismes qui composent notre microbiote sont des microbes de différents types.

  • Microflore intestinale

    Voir microbiote intestinal.

  • Microorganisme

    Souvent employé à tort comme synonyme du mot « microbe », un microorganisme est un organisme unicellulaire ou multicellulaire si minuscule qu’il ne peut être observé à l’œil nu (microscopique). Parmi les types de microorganismes, nous retrouvons parasites, bactéries, archées-bactéries, champignons et virus. Les microorganismes sont la forme de vie la plus ancienne de la planète. L’étude des microorganismes s’appelle la microbiologie.

  • Muqueuse

    La muqueuse est une mince couche de tissu qui tapisse les parois des cavités du corps telles que la bouche, l’utérus, les poumons et les tractus urinaire et digestif. Les glandes qui recouvrent ce tissu sécrètent un fluide visqueux dénommé mucus. La muqueuse constitue également la couche la plus distincte du tractus gastro-intestinal. Il s’agit, structurellement et fonctionnellement, de sa zone la plus complexe et importante, car c’est sur cette surface que les fonctions cruciales de l’absorption s’accomplissent.

  • Obésité

    L’OMS définit le surpoids et l’obésité comme une accumulation anormale ou excessive de graisse induisant un risque pour la santé. Autant le surpoids que l’obésité constituent des facteurs de risque pour un grand nombre de pathologies chroniques telles que le diabète, les maladies cardiovasculaires et le cancer.

  • Prébiotique

    Les prébiotiques sont des composants non digestibles des aliments (tels que certains types de fibres) qui stimulent l’activité ou la croissance de certains groupes spécifiques de bactéries comme les bifidobactéries et les bactéries lactiques. Des études scientifiques démontrent des effets bénéfiques des prébiotiques et des probiotiques sur la santé de l’hôte (fonctions digestives et immunitaires, notamment).

  • Probiotique

    Selon la définition de 2001 de la WHO/FAO, les probiotiques « sont des microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, produisent un bénéfice pour la santé de l’hôte. » Ils sont généralement apportés par des aliments fermentés comme les yaourts. Ils existent aussi sous forme de compléments alimentaires.

  • Symbiose

    Relation qui s’établit entre deux organismes qui ont besoin l’un de l’autre pour vivre. Les bactéries ont une longue histoire de rapports symbiotiques. Elles ont évolué en symbiose avec d’autres microbes et avec leurs hôtes. L’Homme héberge dans son tube digestif cent-mille milliards de bactéries qui y trouvent un écosystème favorable à leur développement. En digérant des composés que l’Homme ne peut digérer, elles produisent de l’énergie et des vitamines dont l’Homme a besoin.

  • Syndrome de l’intestin irritable (SII)

    Le syndrome de l’intestin irritable (SII) est un trouble fonctionnel commun de l’intestin qui atteint 15 % à 20 % de personnes à l’échelle mondiale (avec une prévalence plus élevée chez les femmes). Le syndrome de l’intestin irritable est l’une des premières causes de consultation en gastroentérologie. Les scientifiques pensent qu’à l’origine de cette affection se trouverait un microbiote intestinal déséquilibré.

  • Système immunitaire

    Il s’agit du système de défense du corps face à des organismes infectieux et autres envahisseurs. Il est composé d’un réseau de cellules, tissus et organes spécialisés qui communiquent ensemble et agissent via une cascade de réactions biologiques impliquant notamment des cytokines. Cette réponse immunitaire vise à détruire et éliminer l’agent incriminé pour qu’il ne provoque pas de troubles chez l’Hôte.

  • Transplantation de microbiote fécal

    Cette technique, également connue sous le nom de transplantation fécale ou de selles, consiste à transférer des échantillons de fèces (avec les bactéries et leurs métabolites) d’un individu sain à une personne atteinte de troubles de l’équilibre du microbiote. Bien que cette méthode a prouvé son efficacité chez des patients atteints d’infection résistante à C. difficile, son utilisation n’est pas encore autorisée de façon générale. Les experts travaillent pour étudier davantage cette technique et les avis sont partagés à propos de possibles conséquences défavorables.