Ce nom désignait autrefois les communautés bactériennes hébergées dans notre intestin. De nos jours, les chercheurs lui préfèrent le terme microbiote intestinal, car les bactéries n’appartiennent pas au monde végétal. Certains scientifiques emploient l’un ou l’autre terme en fonction des techniques utilisées pour identifier les bactéries. Ils appellent microbiote les bactéries découvertes par le biais des techniques de séquençage et flore intestinale celles obtenues au moyen de techniques de culture, plus anciennes.
