Nombre que recibían antiguamente las comunidades bacterianas alojadas en nuestro intestino. Los investigadores prefieren emplear el término de microbiota intestinal, ya que las bacterias no pertenecen al mundo vegetal. Algunos científicos eligen un término u otro en función de las técnicas utilizadas para identificar las bacterias. Es decir, usan el término microbiota cuando se refieren a bacterias halladas mediante técnicas de secuenciación masiva y flora intestinal para las bacterias obtenidas a través de técnicas de cultivo, más antiguas.